Kōta Ueda, un giovane duellante di quattordici anni, a causa di una vita piuttosto tormentata, fu costretto ad effettuare un'importante decisione: quella di abbandonare la sua epoca per andare a vivere nell'epoca in cui era cresciuto suo zio Jaden Yuki.
Per volere di quest'ultimo, inoltre fu anche iscritto all'Accademia del Duellante, dove porterà un nuovo stile di duello che affascinerà molti duellanti.

Nella storia sono presenti alcuni archetipi, citazioni e personaggi del creatore Kazuki Takahashi & Konami.
Inoltre all'interno della storia vi saranno tematiche e concetti al quanto delicati.