Giọng nói của Cây Thần trong rừng Nibel thuật lại câu chuyện khi Ori, một linh hồn hộ mệnh trắng, rơi xuống từ cây trong cơn bão khi còn là một đứa trẻ sơ sinh và được một sinh vật tên là Naru, người nuôi dưỡng Ori làm con nuôi. Một sự kiện thảm khốc sẽ sớm khiến tất cả khu rừng khô héo và Naru chết đói. Mới mồ côi, Ori bị bỏ lại để tự mình khám phá khu rừng. Sau khi ngã gục gần Cây Thần và được hồi sinh nhờ nó, sau đó, Ori gặp Sein, một sinh vật có hình dạng một quả cầu nhỏ màu xanh, có thể tấn công các sinh vật gây hại và hướng dẫn Ori trên hành trình khôi phục lại khu rừng. Sein hướng dẫn Ori thu hồi ánh sáng của ba yếu tố chính hỗ trợ sự cân bằng của Nibel: Waters, Winds và warmth.

Ori và Sein tình cờ gặp hai sinh vật trong nhiệm vụ của họ: Gumo, người sống sót cuối cùng của tộc Gumon giống như người nhện, bị xóa sổ bởi trận đại hồng thủy của khu rừng và nhà của họ hỗ trợ nguyên tố Gió; và Kuro, một con cú khổng lồ, bóng tối, thù địch với Ori. Gumo ban đầu đánh cắp chìa khóa của nguyên tố Nước, nhưng trả lại nó sau khi Ori cứu anh ta khỏi một tảng đá. Sau khi yếu tố Gió được nhen nhóm, Ori và Sein đi ngang qua tổ của Kuro, trống rỗng, ngoại trừ một quả trứng và họ biết được nguồn gốc của sự thù địch của cô ấy và thảm họa của khu rừng: khi Ori bị mất, Cây Thần phát ra ánh sáng lóe lên đối với chúng, chúng đã giết chết tất cả những đứa con mới nở của Kuro. Quyết tâm ngăn chặn điều này xảy ra với đứa con chưa chào đời của mình, Kuro đã lấy đi phần lõi trên ngọn Cây Linh hồn, thực ra là Sein. Không có cốt lõi, Cây Linh hồn không thể duy trì ba yếu tố và Nibel mất thăng bằng. Trong khi đó, Gumo tình cờ nghe được ý định của Ori và Sein để khôi phục Nibel và sử dụng kho báu gia tộc của anh ta lưu trữ ánh sáng từ Cây Thần để hồi sinh Naru, và đưa cô đến nơi của Ori.

Sau yếu tố cuối cùng, Ấm áp, được phục hồi trong núi lửa Horu, Kuro bắt giữ Ori và Sein khi ngọn lửa từ Horu bắt đầu lan rộng. Naru, người đã bị tách khỏi Gumo, đến để bảo vệ Ori khỏi Kuro. Kuro dịu lại, nhớ về nỗi đau mất con. Khi ngọn lửa lan rộng và sắp chạm đến quả trứng còn lại của mình, Kuro đưa Sein trở lại Cây Thần, phát ra một tia sáng rực rỡ làm tiêu tan ngọn lửa và khôi phục lại khu rừng, nhưng Kuro bị ánh sáng phá hủy. Thời gian trôi qua khi khu rừng bắt đầu hưng thịnh một lần nữa, và Ori được nhìn thấy đang ngồi trên khúc gỗ xem những linh hồn mới được sinh ra trên cánh đồng dưới chân Cây Thần. Gumo và Naru cùng nhau theo dõi từ xa, trước khi về nhà, nơi quả trứng cuối cùng của Kuro đang nghỉ ngơi, đúng lúc thấy nó bắt đầu nở.

■