Sau một vụ án truy lùng tung tích của bọn tội phạm, Conan và đội thám tử nhí phải trao đổi thông tin cho nhau qua huy hiệu lớp 1B. Vụ án kết thúc, huy hiệu vẫn còn kết nối với nhau, Conan và Haibara không biết và đã nói chuyện về việc bị teo nhỏ, thuốc teo nhỏ cùng tổ chức áo đen. Cả bọn thám tử nhí nghe được điều đó qua huy hiệu 1B và biết được sự thật về Conan và Haibara.

Cùng lúc đó, Conan và Haibara phát hiện xe của tên Gin và liều mình vào xe đó lần nữa nhưng không hề biết đội thám tử nhí theo dõi mình. Đội thám tử nhí chui vào nấp xe của tên Gin, Conan và Haibara không hề cảnh giác và đã không biết được điều này. Conan và Haibara ra khỏi xe vì tìm được một manh mối mới và đi tới nhà ông tiến sĩ Agasa. Lúc này đội thám tử nhí vẫn trên xe vì bị kẹt không ra khỏi nấp xe được. Tên Gin chạy xe đi về vì đã tìm được gì đó ở đây.

1 bí mật luôn được cất giấu ...

Conan biết được sự thật Subaru là Shuichi Akai cũng như Shuichi biết được Conan chính là Shinichi và cả hai hoàn toàn biết được sự thật này, nên Conan quyết định cùng ông Agasa qua nhà Kudo nói về chuyện Tổ Chức áo đen cùng Akai.

Haibara biết được Subaru làngười yêu của chị mình và là người mình từng tung hứng vào Tổ Chức áo đen nênkhông qua cùng mà ở nhà ông Agasa. Và Vermouth luôn theo dõi