Sonic conseguiu completar sua missão, ou metade, à base de lançamento começou a ruir, a Death Egg se soltou do ar e começou a cair, Sonic e Tails foram jogados para um lugar diferente, Mushroom Hill (Vale dos Cogumelos):

— Está bem Sonic?

— Estou, não diria o mesmo se você não tivesse me segurado e voado.

— A base virou ruínas, e a Death Egg perdeu sua energia, mas não foi danificada.

— Robotnik ainda pode conserta-la, o echidna ainda está com ele, precisamos encontrá-la logo.

— Não há como ele restaurar energia sem as Esmeraldas, a propósito, onde será que ela caiu, ela pode estar em qualquer...

— Tails, silêncio. Olha lá em baixo. — Sussurrou Sonic.

Lá embaixo estava Knuckles, saindo de um esconderijo, ele apertou um botão e foi embora, logo após, Sonic desceu e pulou no botão, um mecanismo foi ativado e a parede que ocultava o local foi revelado:

— O que será que tem lá dentro?

— Não sei Tails, só tem uma forma de descobrir.

Ao entrar, viram um anel gigante, mas, diferente, piscava as cores das Esmeraldas do Chaos. Sonic e Tails foram tele portados para outro lugar, parecia um grande salão, com um grande pedestal flutuante e nele, havia uma Esmeralda maior:

— Sonic, olha o tamanho daquela Esmeralda!

— Isso eu vi, o que estou tentando entender, é o porquê de haver mais sete pedestais sendo que as esmeraldas são bem menores.

De alguma forma, as Esmeraldas saíram de Sonic e rodearam até sumirem, então, rajadas de magia atingiam os pedestais, fazendo com que elas dobrassem de tamanho:

— Então era para isso, mas agora, elas perderam a cor.

— Acho que elas não estão aqui de verdade Sonic, esses são portais, trisque em uma e seremos transportados para onde elas realmente estão, quando a pegarmos novamente, elas irão vir para cá.

Robotnik estava na Death Egg, enfurecido com o que aconteceu, mas precisava solucionar seus problemas contra o tempo novamente, dessa vez, ele só precisaria pegar a Esmeralda Mestre novamente e decolar.

Knuckles viu a Death Egg caindo e foi até lá:

— Robotnik, o que aconteceu!!!

— Aquele ouriço é lógico! Por que isso aconteceu comigo, para que conhecer esse ouriço?

— O que você precisa para fazer essa coisa voar novamente?

— Iremos para a Hidden Palace, agora! Preciso extrair energia da Esmeralda Mestre.

Sonic e Tails haviam conseguido coletar as Esmeraldas do Chaos, eles foram tele portados até a Sandopolis, um pequeno deserto. Usando o poder das Esmeraldas, Sonic se transformou e compartilhou o que podia com Tails, dessa vez, Sonic estava piscando as cores das Esmeraldas e Tails estava com uma aura amarela, eram Hyper Sonic e Super Tails:

— Ali está a Death Egg Sonic, preso em uma montanha... pelo tipo de rocha, lá é um Lava Reef (recife de lava).

— Vamos, com esse poder, alcançaremos Robotnik rapidinho.

Ao chegar lá, vasculharam a Death Egg, mas não encontraram Robotnik:

— Sonic, ele pode ter ido se encontrar com o echidna. Talvez ele tenha algo tão poderoso quanto as esmera... é isso!!!

— Você pensou naquela Esmeralda gigante?!

— Óbvio, estava na nossa cara. Precisamos encontrar o local onde ela está guardada.

— Pelo que me lembro, ela está em uma espécie de templo... talvez subterrâneo.

— Se seguirmos o caminho por dentro dessa montanha, poderemos encontrar uma brecha ou até mesmo a entrada.

— Como tem tanta certeza Tails? Se estiver errado, Robotnik poderá pegar a Esmeralda antes.

— Tenho sim Sonic, minha intuição diz isso.

— Então... vamos.

Acontece que Robotnik havia deixado uma surpresa, um robô para segura-los, felizmente, com o poder do Chaos em mãos, facilmente derrotaram o robô e seguiram:

— Olha Sonic!!! Uma entrada!

— Nunca mais duvido de você amigo.

— Vamos Sonic, eles já podem estar aí dentro.

Knuckles ouvia:

— Eles estão aqui! — Avisou Knuckles.

— Como encontraram o local? — Duvidou Robotnik.

— Está vendo os pedestais? As Esmeraldas do Chaos estão brilhando, eles estão usando, só não entendo como eles podem... "Ouvi uma voz, ela me concedeu o poder do Chaos para salvar os mundos. " Lembrou Knuckles quando Sonic falava.

— Knuckles, o que foi? — Perguntou Knuckles

— Está vendo aquele grande mural? É uma profecia do dia do juízo final, de acordo com ele, acontecerá hoje... vá. Vou segura-lo aqui.
Sonic havia chegado, Knuckles o avistou:

— Equidna, não quero lutar com você, nosso inimigo é Robotnik, se ele se apossar das Esmeraldas, acontecerá um juízo final.

— Vamos acabar com isso, ouriço. Se destransforme e venha!

Sonic e Knuckles lutaram bravamente, depois de vários golpes, Sonic derruba Knuckles que se levanta e sai correndo, mas ao ver lá na frente, Robotnik estava roubando a Esmeralda Mestre:

— Ponha ela de volta!!!

— Knuckles, para um guardião você é bem fácil de se trabalhar. Ho, ho, ho, ho, ho.

Knuckles tentou impedi-lo, mas, dois fios de energia o pegaram levando um grande choque. Knuckles percebeu que Sonic era o herói, então mesmo fraco, socou o chão e uma passagem secreta havia sido liberada:

— Venha ouriço, raposa... precisam deter Robotnik... estou muito fraco para isso.

— E como faremos para chegar até ele agora?

— Nesse exato momento... ele deve ter restaurado a Death Egg, precisa ir para... um lugar alto, o Sky Sanctuary.

Havia uma grande esfera vermelha brilhante, Knuckles dizia enquanto apontava:

—Suba naquela esfera, é um tele porte, ele nos levará até lá.
Sonic, Tails e Knuckles subiram na esfera, foram tele portados para o Sky Sanctuary.

Lá era magnifico, o chão levemente amarelo, várias plantas e aves espalhadas e por dentro, o chão brilhava a um néon azul.
Haviam chegado, separando as nuvens, Sonic via a Death Egg e vários robôs sendo liberados, Knuckles levantou e correu, ativando um interruptor para abrir caminho:

— Vá, suba na torre mais alta e antiga, o alcance a tempo, só terão essa chance.

— Está bem, Tails, preparados para ação.

Sonic não queria usar as Esmeraldas, ele não queria depender do poder para motivos pequenos e sim fazer suas próprias ações. Mais uma vez, Sonic e Tails correram destruindo vários robôs, desviando de obstáculos, e pulando em plataformas estáveis.

A torre estava instável, Sonic e Tails correram para não caírem, ela estava desmoronando e por sorte, conseguem escapar e subir na Death Egg.

Lá estava muito mais perigoso que da última vez, agora, precisavam ser cuidadosos e precisos, qualquer armadilha ali era fatal. Robotnik os esperava na plataforma externa com seu novo robô gigante, ele tinha construído a sua semelhança.

Sonic e Tails chegaram lá:

— Dr. Robotnik, pronto para terminarmos isso?

— Mais do que nunca. Hoje é o dia do juízo final!

— Juízo final? Não está exagerando um pouco!?

— É uma antiga profecia feita... Vamos começa-la!

— Quer me derrotar com isso? O que ele tem de especial?

— É simples, a Esmeralda Mestre está sendo extraída por ele, ou seja, posso usa-la para te derrotar! Ho, ho, ho, ho, ho.

Robotnik atacou Sonic e Tails tentando esmaga-los com uma grande mão metálica, mas eles destruíram todos os dedos daquele robô. Logo após, o robô destruía a plataforma em pedaços, agora, precisavam atacar e correr ao mesmo tempo.

A Esmeralda Mestre lançava poderosas rajadas de magia pura, mas eles conseguiam desviar. Após destruírem o robô, a Death Egg estava em tempo de explodir, Robotnik subiu em sua mini nave e pegou a Esmeralda Mestre, logo, a Death Egg explodiu criando um enorme impacto para quem estava por perto e acabaram voando para longe.

Robotnik ainda tinha sua última carta na manga, apertando um botão, um robô gigante secreto escondido no planeta surgiu e voou em sua direção. Sonic e Tails estavam vagando pelo espaço, logo, o ouriço se transformou e levou Tails para um local seguro:

— Fique bem, amigo.

Sonic voou tão rápido que parecia um flash de luz e energia, por um momento a barreira de tempo e espaço eram rasgados por impulso:

— Sonic? Não acharia que sobreviveria aquela explosão!

— Você não queria o dia do juízo final? Desejo concedido!!!

A maldição havia feito um grande estrago no espaço, estava inundado com rochas de planetas que haviam sido destruídos.

Robotnik atirava misseis e com o poder do Chaos extraído, mas Sonic com um golpe, os atirou de volta. Repetindo várias vezes, Sonic segurou o último míssil e jogou na cabeça do robô.

O robô gigante entrou em curto e se despedaçou então uma surpresa, era um robô igual a Death Egg Robot, o primeiro que Sonic havia enfrentado. Robotnik tentava fugir com a Esmeralda Mestre, enquanto lançava algumas bombas para atrapalhar Sonic.

Sonic ouvia um sussurro dizendo "Use o controle do Chaos". E então disse Sonic, "Controle do Chaos!!! " A voz era de Mestra, que as vezes ajudava Sonic falando com ele. O robô foi destruído e Sonic descia a superfície com a Esmeralda Mestre, Tails apareceu com o Tornado e Sonic se destransformou, as Esmeraldas se tele portaram para o espaço.

Eles levaram a Esmeralda Mestre até a ilha dos Anjos, ela flutuou novamente:

— Obrigado... meu nome é Knuckles. Devo desculpas por tudo.

— Eu sou Sonic, esse é meu amigo Tails, não precisa se desculpar, você viu a bondade nele, eu compreendo.

— Onde deixou as Esmeraldas do Chaos? — Perguntou Knuckles.

— Não sei. Depois de usar o controle do Chaos, elas simplesmente sumiram.

— O quê!? E você sabe controlar o controle do Chaos!?

— Não. Por quê? Qual a consequência?

— Não se pode usar uma coisa sem saber controlar, ele é muito poderoso, uma das únicas magias que conecta ao poder da Esmeralda Mestre com as do Chaos! Quem sabe o que pode acontecer?

— Mais até agora não aconteceu nada, com esse tempo, já deveria ter acontecido algo anormal. — Raciocinou Tails.

— Talvez tenha razão, bom, agora de qualquer modo, agora vou descansar um pouco. — Disse Sonic.

— Fique na ilha o tempo que quiser, agora, voltarei a vigia-la, a ilha já está começando a flutuar.