Sau khi tổ chức áo đen bị tiêu diệt, Haibara đã chế tạo thành công thuốc giải của APTX4869, thành công đưa cô và Conan trở về thân phân thật sự của mình là Kudo Shinichi và Miyano Shiho, về việc sự biến mất của Conan và Haibara chỉ được giải thích là họ đã được bố mẹ rước về nhà, Ran và đội thám tử nhí rất buồn nhưng rồi cuộc sống của họ cũng sẽ dần tốt hơn theo thời gian thôi, vì trên đời này vốn dĩ không có Conan và Haibara.

Một tháng sau khi trở về làm Shinichi, cậu đã tỏ tình với Ran và cô nàng đã đồng ý, có lẽ do nổi nhớ nhung chàng thám tử trong thời gian dài, cô ấy không để chờ lâu thêm nữa mà bước về phía cậu ấy mặc dù cô có tí lo ngại về cộng sự của bạn trai mình, Ran nhận thấy giữa họ luôn có một thế giới riêng mà cô không bao giờ bước tới được.

Còn về Shiho cô quyết định tiếp tục đến trường như bao người khác, cô muốn tận hưởng một cuộc sống mà chị gái cô đã từng trãi qua trước đây, tốt nghiệp cấp 3, rồi đến đại học, rồi làm việc như những người bình thường không phải mang danh một thiên tài nữa.

Cũng đã 3 năm trôi qua cuộc sống của họ vẫn không có gì đặc biệt, Shinichi bây giờ đang học tại Học viện cảnh sát, còn Shiho đang học năm 2 tại Đại học Tokyo khoa Pháp y , Ran học chung trường với cô nhưng là chuyên ngành Luật.

- Chào Kudo, hôm nay có lẽ Ran sẽ về trễ đấy? – Một sinh viên trong trường đi ngang qua bảo. Shinichi chỉ đáp lại bằng một nụ cười toả nắng, hình ảnh một chàng thám tử nổi tiếng đợi bạn gái của mình mỗi ngày thế này hình như đã quá quen thuộc với sinh viên trường đại học Tokyo.

- Sẽ về trễ sao? – Shinichi vừa lẩm bẩm vừa bước lên những bật thang, nếu đã vậy thì anh sẽ qua xem tình hình của Shiho một lát dù sao đã mấy hôm rồi, cô và anh chưa gặp nhau.

Phía trong phòng Shiho đang chăm chú xem báo cáo gì đó, "có lẽ cô vừa hoàn thành một thí nghiệm nào đó" Shinichi thầm nghĩ, lặng lẽ đứng bên ngoài nhìn cô, dù không muốn nhưng Shinichi luôn phải thừa nhận Shiho quả thực rất đẹp, dù gương mặt hay ngoại hình đều cực kỳ thu hút, nếu nhìn cô ấy một lần bạn sẽ cảm thấy không đủ nhưng khi nhìn lâu sẽ trở thành nghiện, đó cũng là cảm giác của Shinichi hiện tại.

- Này Kudo, sao không vào trong? – Michio vừa nói vừa vỗ vào vai của Shinichi ra hiệu mời anh vào trong.

Nói về Michio này thì đây là đàn anh khoá trên của Shiho và cùng nhóm nghiên cứu khoa học với cô, Shiho cũng không ít lần khen anh ta rất tài năng với Shinichi, đặc biệt là cái tên của anh ta Michio Michio làm cô cảm thấy thú vị.

- Anh và Shiho vừa hoàn thành một nghiên cứu sao? – Shinichi vừa bước vào phòng vừa hỏi.

- Đúng vậy, một sinh vật ký sinh nguy hiểm đấy! – Michio vừa cười vừa trả lời, tiến về phía Shiho cùng thảo luận.

Shinichi cũng im lặng nhìn không làm phiền đến họ, anh tiến đến bên cửa sổ nhìn dòng người đông đúc ngoài sân trường.

- Hôm nay có chuyện gì lại đến chỗ tôi thế? – Shiho đưa cho Shinichi một ly nước.

- Chỉ là muốn xem tình hình của cậu một tí.

- Thế à, tôi vẫn bình thường, giờ này có lẽ Ran đã hết tiết học rồi đấy.

- Mấy hôm nay buổi tối cậu không có ở nhà! – Thật ra đây mới là vấn đề Shinichi quan tâm.

- Cậu thấy đấy! Dạo này việc nghiên cứu hơi bận rộn.

- Vậy ra mỗi tối cậu ra ngoài là đến đây sao. – Shinichi luôn thấy cô ra ngoài và trở về rất khuya, việc anh biết thì cũng đơn giản, nhà cô và anh ngay cạnh nhau mà.

- Cũng không hẳn là vậy.

- Này, ý cậu là sao? – Vừa dứt lời điện thoại Shinichi đã reo lên, anh cũng chỉ nghe máy và vội vã rời đi.

Vài hôm sau đó Shinichi lại bắt gặp Shiho ra ngoài vào ban đêm, hôm nay anh quyết định phải theo cô để làm rõ mọi chuyện, Shiho không đến trường cô rẽ vào một quán cà phê theo phong cách cổ điển, ngồi với cô không ai khác là Michio chẳng biết đang nói về chủ đề gì nhưng trông họ rất vui vẻ, Shinichi không ngờ ngoài anh và Hattori ra cô còn có bạn thân khác giới khác, trước giờ anh luôn nghĩ cô và Michio chỉ là mối quan hệ bạn học, nghĩ đến đây Shinichi có chút khó chịu.

- Thì ra những cuộc nghiên cứu của cậu là Michio à! – Shinichi dựa lưng vào chiếc cổng nhà bác tiến sỹ.

- Cậu theo dõi tôi.

- Không làm thế sao biết được cậu đang nói dối chứ!

- Tôi không nói dối cậu, những chuyện chúng tôi nói đều về khoa học.

- Chuyện khoa học và lại cười vui như thế. – Shinichi nhướn mài.

- Được rồi, thật ra là vài câu chuyện phiếm thôi.

- Chuyện phiếm mà nói đến hôm nào cũng ra ngoài sao? – Shinichi có vẻ vẫn không buông tha.

- Cậu không biết đâu, khả năng kể chuyện của anh ấy rất lôi cuốn đấy.

- Thật vậy? – Shinichi ra vẻ nghi ngờ.

- Nếu không tin, mai tôi sẽ đưa cậu đi cùng. – Một câu nói này của Shiho triệt để hạ gục Shinichi.

Đúng như lời hứa, ngày hôm sau cậu đã đi cùng Shiho đến gặp Michio, quả thật nói chuyện với anh ta rất thú vị cả anh còn bị lôi cuốn, "người đàn ông này đúng là không tầm thường" Shinichi thầm nghĩ. Những ngày sau đó anh đều cùng Shiho và Michio trò chuyện cùng nhau đến nổi Ran phải ghen lên.

- Tớ thấy cậu không nên đi cùng tớ nữa – Shiho nói trên đường hai người cùng về nhà vào một buổi tối.

- Tại sao? Cậu không đi nữa à?

- Không phải, nhưng tôi thấy Ran có vẻ không vui.

- Không sao, cô ấy chỉ giận dỗi vài hôm thôi. – Shinichi vừa cười vừa nói như kiểu nó không có gì đáng để tâm.

- Cậu cũng thích những câu chuyện của anh ấy như thế à?

- Không hẳn.

- Nếu như thế tại sao cậu còn muốn đi cùng? – Shiho ra vẻ khó hiểu.

- Vì tớ không yên tâm để cậu đi cùng anh ta.

- Kudo, tớ không phải con nít.

- Trong mắt tớ thì phải đó. – Shinichi vừa cười vừa nói.

Đến một ngã ba bỗng Shiho dừng bước, Shinichi có vẻ không hiểu cũng đứng lại nhìn cô.

- Michio, đã tỏ tình với tớ. – Shiho nói và ngước nhìn ánh trăng.

- Shiho, cậu đã đồng ý. – Shinichi có vẻ ngập ngừng, anh đang khó chịu.

- Tớ vẫn đang suy nghĩ. – Nói rồi Shiho lặng lẽ bước đi.

Một tuần sau đó Shiho không ra ngoài vào buổi tối nữa, Shinichi nghĩ cô đã từ chối Michio, nên cũng yên tâm đôi chút, anh không biết sao bản thân lại có cảm giác vui mừng như thế.

- Shiho có bạn trai rồi đấy!- Ran vừa nói vừa ăn bánh.

- Em nói Shiho có bạn trai. – Shinichi dường như không tin vào tai mình nữa.

- Đúng vậy, là anh Michio đấy, chuyện này cả trường đều biết. – Ran nói với vẻ vui mừng.

Còn Shinichi sao khi nghe xong câu đó thì chỉ im lặng, cố gắng kết thúc bữa ăn càng sớm càng tốt, trong lòng anh như có một ngọn lửa đang bùng cháy dữ dội, anh rất muốn gặp Shiho ngay lúc này để hỏi rõ ràng mọi chuyện, anh chưa từng nghĩ đến chuyện cô sẽ có bạn trai, sẽ rời xa sự bảo hộ của anh, đối với Shinichi quả thật thông tin này là một đã kích rất lớn đối với anh.