Después de una intensa batalla contra un cruel enemigo que amenazaba con destruir el multiverso, el equipo de Ben's liderados por "Ben 10000" estaban listos para volver, sin saber que algo salió mal que provocó que uno de los Ben's perdiera uno de sus relojes alienígenas a causa de una extraña radiación que hizo que su reloj se separara de su muñeca más que su "IA" estaban ahí

Entonces dicho reloj fue transportado a Japón, sitio donde vive un chico de cabello azul, llamado "Shido Itsuka" junto con su hermana adoptiva "Kotori Itsuka" quiénes hacen lo posible por sobrevivir de extraños terremotos espaciales, quienes son generados por unas chicas poderosas conocidas como "Espíritus" pero cuando Shido encuentra dicho reloj el cuál era el mismísimo "Omnitrix" este ahora lo usaría para detener los terremotos espaciales gracias a la compañía de Kotori quién es líder de una organización que ayudará a que las espíritus estén estables y sean ayudadas no por un chico con la capacidad de sellar sus poderes a través del contacto labial

Sino que también, usaría el Omnitrix ya que Shido se enfrentaría a mayores amenazas que arrasaria con todo el planeta incluído su propio universo