L'animé est fait pour faire vendre Pokemon et doit correspondre à la génération qu'il doit vendre, et c'est là un gros défaut. Par exemple, les Pokemon de la deuxième génération seront mise en avant dans la saison 3 et 4 (qui correspond à la seconde génération, la région de Johto), pas dans les précédentes (excepté Togépi) car ils n'existaient pas encore, et moins dans les suivantes car cela sera à la place les Pokemons de la 3eme générations qui seront mis en avant. L'animé se formate de lui-même sur les Pokemons déjà existant, sur un scénario prévisible (les badges, les concours, la Team Rocket), et surtout les Pokemons qu'il faut montrer à tout prix.
Et comme la saison 1 était le commencement, avec ces erreurs et ses problèmes, on remarque des choses qui n'ont pas d'explication. Quand je voyais enfant le dessin animé, je ne me posais pas tant de question, je regardais et c'est tout. Quand je le vois maintenant, je me pose des questions plus ou moins légitimes, plus ou moins d'adultes, parce que je veux faire vivre cet animé en tant qu'adulte. Voici quelques exemples :
1) Qui sont les deux autres dresseurs, en plus de Régis et Sacha, qui sont partis ?
2) Qui sont les trois dresseurs dans l'ombre sur le podium à la fin de la ligue Indigo ?
3) Comment Giovanni à découvert les vestiges de Mew ?

Voila selon moi les explications concrètes de ces mystères :
1) C'est pour justifier le faite que Sacha doit être le quatrième et dernier à arriver, et qu'il ne reste plus de pokemon à part Pikachu. En même temps, le professeur est con, il sait qu'il a quatre dresseurs qui viennent et il prépare que trois Pokemons aptes.
2) C'est pour garder une part de mystère, pour que l'enfant s'imagine être ce dresseur leader et gagnant, parce que le gagnant peut être n'importe qui.
3) C'est pour préparer le film qui allait sortir sur la naissance de Mewtwo, dont l'animé à donné quelques images en guise d'amuses bouches dans la saison 1.

Mais dans tout cela, il y a de la place pour au moins une histoire là dessus, en respectant l'animé jusqu'à un certain point, ou même en respectant l'animé de bout en bout. Et avec tous les personnages différents, les lieux, les questions non-abordées, les connaissances actuels sur Pokemon, on peut améliorer, ou même carrément transformer l'animé en quelque chose d'enfantin, ou à contrario de plus adulte, plus réfléchis, aborder des thèmes insoupçonnés, créer une histoire dans l'histoire. Imaginer par exemple la découverte des fragments d'ADN de Mew par Giovanni, ou créer un personnage principal issue des deux autres dresseurs, ou encore écrire l'histoire de ces fameux gagnant de la ligue... et pourquoi pas aller plus loin : mettre une notion d'écologie et de protection des Pokemons, étoffer l'histoire de la création de Mewtwo, se poser la question sur le fonctionnement d'une pokeball et de sa fiabilité, appuyer sur la notion de religion, prolonger l'histoire de Richie,... Tout est possible. Et même, l'univers de Pokemon ne s'arrête pas à son animé ou ses jeux qui consistent à capturer des Pokemons...
Pour moi, le meilleur exemple est la série des Pokemon donjons mystères. Oublions tous les dresseurs, les centres Pokemon, la Team Rocket, les badges, les pokeballs, et le reste. Le coeur du jeux est encore plus resserré sur les Pokemons, et seulement les Pokemons. C'est l'un des meilleurs jeux Pokemons que j'ai joué, parce que tout était là : l'univers, l'intrigue, le scénario, les personnages... Et pourtant, ce jeu est sorti du classique jeu où tu incarnes un dresseur à la recherche de badge. Pourquoi ne pas avoir fait une série animée sur cela, il y a bien un ou deux épisodes spéciaux, mais qui ne sont pas abouties, et c'est dommage au final, car les jeux ont un scénario poussé. Je vois des fan fictions sur Pokemon donjons mystères très aboutit, qui reprend les bases du jeu et de l'histoire, et qui serait une histoire solide et crédible à porter à l'écran.
Après, c'est comme tout, quand on a une passion, on aime, on voit les défauts, le potentiel qu'on peut en tirer, et on peut devenir intarissable quand on en parle. C'est comme moi et Pokemon, j'adore, j'en connais les défauts, j'en suis conscient, mais je peux vous créer plein d'histoires différentes, plus ou moins adultes, dans cette univers ou ces personnages.