Vào năm 2000, một cánh cổng kì lạ đã xuất hiện trên bầu trời của trái đất. Luồng khí hắc ám tỏa ra từ nó khiến các đường tín hiệu bị gián đoạn, những con vật bắt đầu phản ứng mạnh và chạy trốn như thể chúng đang hoảng sợ một thứ gì đó.
Ngay giữa cái xoay ám khí đó liền giáng xuống một chùm tia sáng khiến cho mọi thứ bị phá hủy trên toàn cầu. Về sau mọi người gọi ngày đó là ngày "Thanh Trừng".

Ngày "Thanh Trừng" đã cướp đi hơn nửa dân số trên toàn cầu, tất cả những người hít phải ám khí từ nó đều hóa thành loài quái vật mang hình dáng như một bóng đen kinh dị. Những quái vật ấy được gọi là Phantom, đúng như cái tên bọn chúng chỉ hiện nguyên hình và trở nên nguy hiểm vào buổi tối, ngược lại vào buổi sáng thì bọn chúng lẩn trốn ánh sáng của mặt trời - thứ bọn Phantom sợ nhất.

Những người còn sống còn lại đã lập nên một tổ chức mang tên Phantom Hunter, một tổ chức chuyên đi săn bọn Phantom. Họ sử dụng những công nghệ tiên tiến kết hợp cùng ám khí kì lạ tạo ra những sinh vật sống mang hình dạng vũ khí.
Những sinh vật đó đc gọi là Spiritual, những thần khí sống. Họ có thể hoán chuyển hình dạng giữa dạng nhân hình và khí hình. Những người sử dụng Spiritual gọi là Controller. Mang theo mình là thần khí, con người đã khôi phục và kiểm soát lại được những vị trí đắc địa.

Yamada Hiro, một chàng trai bình thường và thường hay bị mọi người chế nhạo và bắt nạt. Cậu không có sức khỏe vượt trội hay học lực cao, những gì cậu có chỉ là sức bền khó lay chuyển được. Mẹ cậu đã mất trong ngày "Thanh Trừng", cha cậu thì bị hôn mê vẫn chưa tỉnh lại.
Hiện cậu phải làm thêm để cố gắng trang trải cuộc sống cũng như trả tiền bệnh viện cho cha. Sống trong sự vô vọng khi biết rằng bản thân sắp bị đuổi học vì vi phạm nội quy.

Hiro gần như đã rơi vào thế bí của cuộc đời thì bỗng cậu gặp phải một con Phantom to lớn có bốn tay. Sợ hãi trước nó, Hiro bỏ chạy nhằm cứu thân nhưng ngay sau đó cậu đã thấy một cô gái đang bị nó tấn công, đứng trước tình cảnh như thế cậu quyết định liều mạng cứu cô gái dù biết bản thân không thể làm gì và có thể sẽ chết. Ôm lấy cô gái đang gặp nguy hiểm, cậu ăn trọn cả cái vung tay của của con quái vật.
Dù thế cậu cũng dùng hết sức để ôm lấy cô gái và chạy đi nhưng vì vết thương quá nặng mà họ chỉ đi được một khoảng đã ngã xuống. Hiro nghĩa rằng bản thân đã làm một việc ngu ngốc và vô ích nhưng rồi một cái gì đó mềm mại chạm vào môi cậu, cảm nhận như bản thân đang hòa vào dòng chảy và rồi cậu chợt tỉnh lại, bất ngờ thay đứng trước cậu là con Phantom đang dần tan biến, cầm trên tay cậu là một thanh kiếm mang màu đỏ của hoa hồng cùng những đường vân vàng được trang trí một cách tỉ mỉ. Thanh kiếm như một đóa hoa hồng nằm trên đỉnh của sự tuyệt đẹp chợt nó lập tức phát sáng, nó dần hóa thành một cô gái và cô ấy cũng là người ban nãy mà cậu đã cứu lấy. Cô ấy là một Spiritual, một thần khí sống.
Quá bất ngờ trước những gì đang xảy ra trước mắt, Hiro chỉ kịp bước tới một bước trước khi cơ thể cậu hoàn toàn mất hết sức lực và ngã xuống.