So với tạm giữ người theo thủ tục hành chính thì tạm giữ người theo thủ tục tố tụng hình sự có một số điểm khác nhau sau đây:

Một là, đối tượng có thể bị tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự là những người thực hiện hành vi vi phạm pháp luật hình sự. Còn đối tượng bị áp dụng biện pháp tạm giữ theo thủ tục hành chính là những người thực hiện hành vi vi phạm pháp luật hành chính.

Hai là, mục đích áp dụng biện pháp ngăn chặn nói chung theo quy định của Bộ luật Tố tụng Hình sự là: Để kịp thời ngăn chặn tội phạm và để bảo đảm cho việc điều tra, truy tố, xét xử và thi hành án. Mục đích áp dụng biện pháp tạm giữ (theo thủ tục tố tụng hình sự) nói riêng là để xác định căn cứ khởi tố bị can đối với người bị bắt hoặc giao người bị truy nã cho cơ quan đã ra lệnh truy nã. Còn mục đích tạm giữ người theo thủ tục hành chính là ngăn chặn, đình chỉ ngay những hành vi gây rối trật tự công cộng, gây thương tích cho người khác hoặc để thu thập, xác minh những tình tiết quan trọng làm căn cứ để quyết định xử lý vi phạm hành chính.

Ba là, những người sau đây có quyền ra lệnh tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự: Thủ trưởng, Phó Thủ trưởng Cơ quan điều tra các cấp; Người chỉ huy đơn vị quân đội độc lập cấp Trung đoàn và tương đương; Người chỉ huy đồn biên phòng ở hải đảo và biên giới; Người chỉ huy tàu bay, tàu biển, khi tàu bay, tàu biển đã rời khỏi sân bay, bến cảng; Chỉ huy trưởng vùng Cảnh sát biển. Ngoài Thủ trưởng Cơ quan điều tra cấp huyện, người chỉ huy tàu bay, tàu biển, thì còn rất nhiều người có thẩm quyền tạm giữ người theo thủ tục hành chính. Như vậy, thẩm quyền tạm giữ người theo thủ tục tố tụng hình sự hạn chế hơn thẩm quyền tạm giữ người theo thủ tục hành chính.

Bốn là, về thủ tục thì cả tạm giữ người theo thủ tục tố tụng hình sự và tạm giữ người theo thủ tục hành chính đều phải có quyết định tạm giữ của người có thẩm quyền. Nhưng sau khi ra quyết định tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự, thì người có thẩm quyền phải gửi cho Viện kiểm sát cùng cấp trong thời hạn 12 giờ, kể từ khi ra quyết định tạm giữ. Viện kiểm sát có quyền xem xét và nếu xét thấy việc tạm giữ không có căn cứ, thì huỷ bỏ quyết định tạm giữ; khi đó người ra quyết định tạm giữ phải trả tự do ngay cho người bị tạm giữ. Còn quyết định tạm giữ người theo thủ tục hành chính không phải gửi cho Viện kiểm sát cùng cấp.

Người bị tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự bị tạm giữ ở nhà tạm giữ, hoặc buồng tạm giữ của trại tạm giam. Còn người bị tạm giữ theo thủ tục hành chính không bị giữ ở nhà tạm giữ, hoặc buồng tạm giữ của trại tạm giam.

Năm là, thời hạn tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự là ba ngày và có thể gia hạn hai lần mỗi lần không quá ba ngày. Còn thời hạn tạm giữ theo thủ tục hành chính là 12 giờ và có thể kéo dài đến 24 giờ; đối với người vi phạm quy chế biên giới hoặc vi phạm hành chính ở vùng rừng núi xa xôi, hẻo lánh, hải đảo thì thời hạn tạm giữ có thể kéo dài hơn nhưng không được quá 48 giờ, kể từ thời điểm bắt đầu giữ người vi phạm.

Việc gia hạn tạm giữ theo thủ tục hành chính không cần phải có sự phê chuẩn của Viện kiểm sát cùng cấp trước khi thi hành. Còn việc kéo dài thời tạm giữ theo thủ tục hành chính không cần có sự phê chuẩn của Viện kiểm sát cùng cấp trước khi thi hành.

Thời hạn tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự được trừ vào thời hạn tạm giam, cứ một ngày tạm giữ được tính bằng một ngày tạm giam. Nếu sau đó người đã bị tạm giữ bị kết án và phạt tù có thời hạn, thì thời hạn tạm giữ, tạm giam được trừ vào thời hạn chấp hành hình phạt tù, cứ một ngày tạm giữ, tạm giam bằng một ngày tù (Điều 33 Bộ luật Hình sự). Còn thời hạn tạm giữ theo thủ tục hành chính không được trừ vào thời hạn tạm giam và do vậy cũng không được trừ vào thời hạn chấp hành hình phạt. Nhưng hiện nay, trong thực tiễn xét xử vẫn còn một số trường hợp Toà án trừ thời hạn tạm giữ theo thủ tục hành chính vào thời hạn chấp hành hình phạt. Cho nên, khi tính toán và trừ thời hạn tạm giữ vào thời hạn chấp hành hình phạt tù cần chú ý một số trường hợp sau:

Thứ nhất, trường hợp công dân bắt người phạm tội quả tang hoặc đang bị truy nã và giải ngay đến Uỷ ban nhân dân. Uỷ ban nhân dân tiến hành việc giữ người bị bắt, lập biên bản nhận người và giải người bị bắt đến Cơ quan điều tra có thẩm quyền. Công việc này chiếm một thời hạn nhất định nhưng không được tính thời hạn này là thời hạn tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự bởi vì việc tạm giữ ở đây là tạm giữ người theo thủ tục hành chính.

Thứ hai, trường hợp người phạm tội tự thú, đầu thú tại Uỷ ban nhân dân. Uỷ ban nhân dân cũng tiến hành việc giữ người bị bắt, lập biên bản nhận người và giải người bị bắt đến Cơ quan điều tra có thẩm quyền. Và công việc này cũng chiếm một thời hạn nhất định nhưng không được tính thời hạn này vào thời hạn tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự bởi vì việc tạm giữ ở đây là tạm giữ người theo thủ tục hành chính.

Thứ ba, theo quy định của Bộ luật Hình sự, thì "đã bị xử phạt hành chính mà còn vi phạm" là dấu hiệu thuộc mặt khách quan của một số tội phạm như: Tội buôn lậu (điểm a và c khoản 1 Điều 153); tội vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới (điểm a và c khoản 1 Điều 154); tội sản xuất, tàng trữ, vận chuyển, buôn bán hàng cấm (khoản 1 Điều 155); tội sản xuất, buôn bán hàng giả (khoản 1 Điều 156); tội sản xuất, buôn bán hàng giả là thức ăn dùng để chăn nuôi, phân bón, thuốc thú y, thuốc bảo vệ thực vật, giống cây trồng, vật nuôi (khoản 1 Điều 158); tội kinh doanh trái phép (khoản 1 Điều 159)... Cho nên, sẽ xảy ra một số trường hợp người thực hiện hành vi vi phạm hành chính bị tạm giữ, sau đó Cơ quan ra lệnh tạm giữ người xét thấy hành vi vi phạm có dấu hiệu tội phạm và chuyển hồ sơ cho cơ quan tiến hành tố tụng có thẩm quyền theo quy định tại Điều 62 Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính. Sau khi thụ lý vụ án cơ quan tiến hành tố tụng đã ra lệnh tạm giam thì thời hạn tạm giữ theo thủ tục hành chính cũng không được trừ vào thời hạn tạm giam.

Trong các trường hợp nêu trên, nếu người đã bị tạm giữ theo thủ tục hành chính bị kết án và bị phạt tù, thì không được trừ thời hạn tạm giữ theo thủ tục hành chính vào thời hạn chấp hành hình phạt tù./.