Amano Yukiteru est un jeune garçon associable ayant pour amis "imaginaires" le Dieu du temps et de l'espace Deus Ex Machina et son assistante Murmur. La seule activité du jeune garçon est de noter tout ce qui se passe autour de lui sur son téléphone. Un jour, Deus lui propose de participer à un jeu et donne à son téléphone les capacités de voir dans le futur. Même si au début, Yukiteru semble plutôt content, il verra au fil du temps que ce jeu n'a rien de génial...

Les règles du jeu sont simples : treizes participants possèdent chacun un journal du futur (chronographe). Avant la fin du monde, qui arrive dans 90 jours, chacun des joueurs doivent trouver les autres et les tuer. Le gagnant, le seul survivant, aura la chance de succéder à Deus et de devenir Dieu.