Kể từ ngày tên "Conan" kia về lại với thân phận thật của mình, cô cảm thấy thật hạnh phúc khi đây mới thật sự là tuổi thơ cô hằng ao ước. Bên cạnh bọn trẻ hàng ngày, cô gần như bị "trẻ con hóa" mất rồi, nhưng không có nghĩa là cô quên đi sự thoắt ẩn thoắt hiện của bọn áo đen. Chính vì vậy nên một phần cô cũng lo lắng, sợ khi cô ngửi thấy "mùi" của bọn chúng, thậm chí nhiều lúc cô còn cảm giác như mình bị ai đó chụp ảnh. Mỗi lần như vậy, không còn Shinichi bên cạnh nữa, cô chỉ còn một sự lựa chọn duy nhất là dựa vào bọn trẻ, cùng cô trở về nhà. Mặc dù cô làm vậy, mọi thứ cũng liên lụy đến bọn trẻ rất nhiều, nhưng cô sợ. Nhiều lúc bọn trẻ luôn thắc mắc: một người thông minh, mạnh mẽ như Haibara sao lại có lúc lại có biểu hiện kì quái vậy?

Một lần, Haibara cảm thấy có người đang theo dõi mình từng bước chân, cô nhìn quanh và cũng nhận ra đó chính là Vermouth và Bourbon trong chiếc xe ô tô.

"Sao ngày nào chúng ta cũng phải theo sát con bé này vậy?" - Amuro là một cảnh sát ngầm thâm nhập vào tổ chức với biệt danh là Bourbon hỏi Vermouth

"Cậu không biết sao? Con bé này chính là một trong những đứa phản bội tổ chức tên Miyano Shiho với mật danh Sherry. Nó đã uống thuốc tự chế để làm teo nhỏ bản thân. Trong danh sách những kẻ bị uống viên thuốc đó chỉ duy có "con bé" này và tên thám tử ngạo nghễ kia bị teo nhỏ mà thôi. Có vẻ như nó đã điều chế thành công thuốc giải rồi nên đã bị tên thám tử đó bỏ quên rồi."

"Ồ, ra là toàn những kẻ ở xung quanh mình. Thảo nào thằng bé thám tử Conan kia tháo vát, nhanh nhẹn, thông minh và đáng lo ngại đến thế. Phải chăng mình có thể gạch tên được một tên nguy hiểm rồi đây."

"Đừng vội mừng, nó trở lại thành thân phận thật không có nghĩa là không còn quan hệ gì với "con bé" này đâu."

Hiển nhiên là Amuro biết điều đó, chỉ là anh muốn tìm cách để bảo vệ hai người này khỏi tai mắt bọn áo đen mà thôi. Từ ngày anh đột nhập được vào tổ chức, anh mới biết chúng nguy hiểm và đáng gờm đến thế nào. Khó đây! Giờ chỉ còn một người đáng tin cậy nhất là Subaru (Akai), mặc dù hai người này có một điều gì đó mà không ngừng thù hằn nhau mỗi khi gặp nhau. Dù sao cũng đều là "chó săn" cả, nên sự tin tưởng vẫn là trên hết.

Sau một ngày học, Haibara trở về nhà bác tiến sĩ cũng là lúc chạm mặt với Shinichi và trở lại thành một "cô bé" với bộ não của một nhà nghiên cứu trẻ 18 tuổi. Thỉnh thoảng cũng có cả sự góp mặt của cả Heiji và Kaito nữa. Mục đích chính vẫn luôn là họp mặt nhau để lục tìm thông tin về bọn áo đen, từ đó thì đưa ra cách tính toán, hướng đi chính xác, đi từng bước. Làm cách nào đó để có thể vạch mặt được chúng, xâm nhập vào đó để đối đầu một cách khôn ngoan. Hơn nữa, bên cạnh họ còn có Amuro - cảnh sát ngầm và Akai (FBI đã được cho là chết rồi) xuất hiện dưới thân phận Subara đều đang xâm nhập vào tổ chức. Để làm được điều đó cũng không phải dễ, bởi đến lúc chúng phát hiện ra trong tổ chức có "chuột ngầm" thì chúng sẵn sàng xuống tay với kẻ đó nhanh hơn tốc độ ánh sáng. Chúng giết người thẳng tay mà không để xót lại một vết tích nào.

Thời gian thì luôn luôn trôi qua nhanh như gió thổi nhẹ nhàng ngày qua ngày, cuối cùng cũng đến ngày Haibara trở thành cô gái cấp 3 như trước khi cô uống viên thuốc đó. Càng ngày diện mạo của cô càng lộ rõ nên không còn lạ gì nữa, cô chính là Miyano Shiho 100% không sai nữa rồi, bởi đối với chúng không bao giờ có chuyện người giống người. Mặc dù danh tính của cô đã bị bọn chúng vạch trần từ lâu nên cô chỉ còn sự lựa chọn duy nhất là cả ngày ở nhà và nghiên cứu, thỉnh thoảng tụi trẻ vẫn tạt qua thăm cô. Chuyện cô là một cựu thành viên của tổ chức áo đen độc ác thì tụi trẻ vẫn hoàn toàn chưa biết. Shinichi và Ai sẽ bàn bạc với nhau để khéo léo nói với tụi trẻ toàn bộ sự thật: Conan là ai? Và sự xuất thân của Haibara Ai. Suốt mấy năm trời, tụi trẻ đã sát cánh bên Conan và Ai, coi họ như những người bạn cùng trang lứa. Mặc dù nhiều lúc "tính người lớn" của họ bất ngờ bộc phát trước mặt tụi trẻ, nhưng đối với tụi trẻ điều đó là sự thông minh, tài giỏi, lớn trước tuổi của 2 người bạn đó. Thời gian đó cũng là lúc bộ ba thám tử cấp 3 hiện diện và bắt đầu lên "sân khấu".