Trong TMDT có những loại hình tổ chức TMDT chủ yếu là:

-  Business-to-business (B2B): Mô hình TMĐT giữa các doanh nghiệp với doanh nghiệp. TMĐT B2B (Business-to-business) là việc thực hiện các giao dịch giữa các doanh nghiệp với nhau trên mạng. Các bên tham gia giao dịch B2B gồm: người trung gian trực tuyến, người mua và người bán

- Business- to-consumer (B2C): Mô hình TMĐT giữa doanh nghiệp và người tiêu dùng.Đây là mô hình bán trực tiếp đến người tiêu dùng. Trong TMĐT, bán lẻ điện tử có thể từ nhà sản xuất, hoặc từ một cửa hàng thông qua kênh phân phối. Hàng hoá bán lẻ trên mạng thường là hàng hoá, dịch vụ v.v. Mô hình kinh doanh bán lẻ có thể phân loại theo quy mô các loại hàng hoá bán (Tổng hợp, chuyên ngành), theo phạm vi địa lý (toàn cầu , khu vực ),  theo kênh bán (bán trực tiếp, bán qua kênh phân bố).

- Consumer-To-Comsumer (C2C): C2C đơn giản là thương mại giữa các cá nhân và người tiêu dùng.

Loại hình thương mại điện tử này được phân loại bởi sự tăng trưởng của thị trường điện tử và đấu giá trên mạng, đặc biệt với các ngành theo trục dọc nơi các công ty/ doanh nghiệp có thể đấu thầu cho những cái họ muốn từ các nhà cung cấp khác nhau.

-Peer – to – Peer(P2P):là loại hình mà cho phép khách hàng chia sẻ các tập tin và dịch vụ qua web.

- Mobile commerce: là việc mua và bán hàng hoá và dịch vụ qua công nghệ không dây- chẳng hạn như các thiết bị cầm tay như máy điện thoại di động và thiết bị hỗ trợ số cá nhân (PDAs).