Le drapeau intersexe a été créé par l'Organisation internationale des intersexes - Australie en juin 2013 pour créer un drapeau sans les couleurs genrées roses et bleues. Les couleurs du fond jaune et du cercle violet sont décrites par les artistes qui l'ont créé comme « hermaphrodites », c'est-à-dire n'empruntant pas forcément aux codes binaires comme le ferait une identité de genre androgyne, mais étant indépendantes et valides dans leur individualité, à l'image des personnes intersexes qui présentent généralement une absence de plusieurs caractéristiques physiques "typiques" des genres masculins ou féminins, ou au contraire une combinaison inédite de caractéristiques physiques.