Seis años pasaron desde la Mordida del 87. En ese tiempo, poco a poco Fazbear Entertainment fue perdiendo dinero. Esto causó que tuvieran que cerrar los diferentes negocios que tenían por el país. Llegó al punto de que solo pudo lograr mantener uno de ellos. Un Freddy Fazbear's Pizza que se encontraba afueras de una ciudad. Era feo y pequeño, pero no tenían dinero para más. Remodelaron a los animatrónicos originales y los mandaron a ese local.

Mientras esto pasaba, William Afton decide tener una nueva familia, pues quería seguir su busqueda de la agonía y el Remanente. Tiene una hija llamada Vanessa, a la cual atormenta en el sótano de su casa para que le tenga miedo y la obedezca en todo lo le que diga. La madre de Vanessa se entera de eso y le pide el divorcio a William, pero él usa trucos sucios y trampas, pues manipula a Vanessa para que declare en el juicio que su madre era quien la maltrataba. William se queda con la custodia de Vanessa y su madre, al ver el resultado, decide quitarse la vida.

Michael Afton, después de varios años, cambió su vida. Se independizó de su padre William, por lo que necesitaba dinero. Parecía un vagabundo. No tenía casa propia. Era pobre, y apestaba. Por eso, entra al restaurante de Freddy Fazbear's Pizza con la esperanza de ganar dinero.

Michael pasa cinco noches en el restaurante, y se da cuenta que algo extraño pasaba con los animatrónicos. Decide revisar qué era pero, debido a que revisó a los personajes sin permiso, es despedido por Fazbear Entertainment. El restaurante cierra ese mismo año, debido a que la empresa de Fazbear entra en bancarrota, por lo que el restaurante de Freddy Fazbear cae en el olvido.

En 1997, 10 años desde la Mordida y cuatro desde la bancarrota de Fazbear, William regresa al local de Circus Baby's Entertainment and Rental, pero se da cuenta que su proyecto había fallado, debido a que los inversores habían sellado el Circus Baby's Entertainment and Rental para que los Funtimes no escapasen. No habían recolectado nada de Remanente. Solo habían secuestrado a un niño llamado Rory, el cual ha estado atrapado en ese local durante 10 años.

William enfureció. Habían pasado 10 años y él no tenía nada de su tan preciado Remanente, por lo que trató de reactivar el local. Sin embargo, no podía, pues, debido a que estaban cautivos, los Funtimes se volvieron locos y agresivos. Eran muy peligrosos. William no podía desactivarlos, por lo que idea un plan.

Contacta con su hijo Michael, le cuenta parcialmente la verdad, le menciona que su hermana Elizabeth está dentro de Circus Baby y que debe salvarla desactivando a los animatrónicos. Michael, quien sentía mucha culpa de perder a sus hermanos, no pierde la oportunidad de salvar a su hermana Elizabeth. Así pues, accede a trabajar en este local.

Michael, al llegar al establecimiento, se encuentra a Circus Baby, quien era realmente Elizabeth, la cual se sentía incompleta, debido a que William le extrajó Remanente. El alma de Elizabeth estaba esparcida por los otros Funtimes. Quería volver a estar completa y así escapar del local, por lo que le pide ayuda a Michael.

Michael trabaja las primeras tres noches, evitando el peligro de los animatrónicos Funtimes gracias a la ayuda de las instrucciones de Circus Baby. Sin embargo, es capturado por Funtime Foxy y llevado a la cámara de experimentación. Ahí, Michael es atormentado durante horas con pesadillas horribles sobre los animatrónicos de Freddy Fazbear's Pizza.

Sueña con Nightmare, quien es la representación de los miedos más profundos de Michael y su culpa por la muerte de su hermano.

Circus Baby logra arruinar el sistema del Circus Baby's Entertainment and Rental y así despertar a Michael, el cual estaba capturado en un traje Springlock muy antiguo.

Circus Baby tenía un plan para escapar. Usaría el cuerpo de Michael, pero necesitaba que él primero tuviera Remanente en su interior para que pudiera aguantar este proceso. Por esta razón, Circus Baby logra que lleven a todos los Funtimes al cuarto del Scooper y les extraigan el Remanente. Después, engaña a Michael para que vaya a ese cuarto y activa el Scooper, inyectándole parte del Remanente de los Funtimes. Circus Baby, además, se combina con el cuerpo de los otros Funtimes y crea un animatrónico llamado Ennard.

Ennard era controlado por Circus Baby y, con ese cuerpo, se introduce dentro de Michael para así poder estar por fin completa. Todo el Remanente en un cuerpo. Así, logra salir al exterior, pues solo humanos podían abandonar el edificio. Michael, con Ennard dentro de su cuerpo, escapa del local. Sin embargo, su cuerpo no es capaz de soportar tanto Remanente, por lo que escupe a Ennard, el cual escapa por una alcantarilla. Michael cree que va a morir, pero, gracias al Remanente que le inyectó, esto no ocurre. Él era ahora inmortal.

Mientras tanto, Circus Baby estaba tratando de escapar por las alcantarillas, pero algo pasaba. Ella no era capaz de controlar el cuerpo de Ennard. El Remanente del resto de piezas se negaban a ser controlados por ella. Circus Baby terminó siendo expulsada del cuerpo y acabó sola, mientras que Ennard regresó por las alcantarillas al Circus Baby's Entertainment and Rental. Circus Baby se sentía incompleta otra vez. Parte de su alma estaba en Ennard, quien había escapado, y otra parte de ella estaba en Michael, y hasta que no tuviera todos sus pedazos de alma juntos, Circus Baby no descansaría.

Michael, al ser inyectado con el Remanente, obtuvo recuerdos. Recuerdos de las almas asesinadas por William. Fue así que se enteró de todo. De los planes de William, de que él había asesinado a los niños y también causado la muerte de su hermana. Esto enojó mucho a Michael. Regresó al Circus Baby's Entertainment and Rental y, para vengarse de su padre, lo prendió en llamas. Acabaría de una vez por todas con ese lugar y con los experimentos de su padre. Aunque, Michael desconocía que Ennard había regresado al local, por lo que este también fue consumido por el fuego.

Michael, ahora que tiene Remanente, logra conectarse parcialmente al Campo Punto Zero, lo que le permite comunicarse con las almas de los niños. Es así que logra localizar al alma de una vieja amiga suya, Cassidy, la cual se comunica con Michael a través de un libro de Freddy Fazbear. Cassidy era amiga de Michael. Se conocieron después del accidente de la mordida de Fredbear. Ella ayudó a Michael a salir de la tristeza y ser mejor persona. Incluso, le tenía una fiesta sorpresa preparada para él, pero no pudo completar esa fiesta, debido a que William la asesinó ese día.

Michael se entera que las almas de los niños están atrapadas dentro de los animatrónicos, por lo que intenta salvarlos. Sin embargo, William se le adelantó, pues al ver que el local y sus investigaciones habían sido destruidas, furioso, regresó a Freddy Fazbear para desquitarse con los animatrónicos. Los destruyó en miles de pedazos, con la esperanza de así recolectar un poco de Remanente. Pero, lo que no esperaba, es que las almas de los niños que asesinó aparecerían, las cuales, ahora libres de los animatrónicos, podrían vengarse de William. William era astuto, y se puso un traje de Springbonnie que estaba por ahí. Esto lo hizo para que las almas recordarán el día de su muerte y así causarles dolor y agonía, pero los Springlocks fallaron y comprimieron el traje, matando a William, el cual murió dentro del traje. Las almas, ahora que vieron morir a William, no sabían qué hacer. Solo desaparecieron.

Michael llegó poco después y encontró a los animatrónicos destruidos, por lo cual no pudo ayudar a las almas de los niños. Michael se va del restaurante, prometiendo que encontrará a su padre, sin saber que se encontraba ahí atrapado en el traje Springlock.

Tras la desaparición de su padre, Vanessa ahora era libre de William, pero los traumas de lo que él hizo no se irían tan fácilmente por lo sucedido en su infancia. Ella creció como alguien distante y solitaria.