El Freddy Fazbear's Pizza principal estaba funcionando, y era un éxito. El restaurante contaba con las versiones de animatrónicos Toy, Toy Freddy, Toy Bonnie, Toy Chica, Mangle, Balloon Boy y Puppet, el cual Henry había abandonado en el almacén de Fazbear, pues no quería tenerlo y recordar a su hija Charlotte. Fazbear decidió dejar a Puppet como una atracción más del restaurante.

William se entera de la noticia y, viendo la posible amenaza que podría ser Fazbear para su negocio, decide eliminarlos nuevamente. William se infiltra con una identidad falsa y se hace pasar por un guardia de seguridad. Así, logra asesinar a cinco niños más y deja sus cuerpos esparcidos por todo el restaurante. Puppet, quien estaba poseído por el alma de Charlotte, se da cuenta de que William estaba en el restaurante, por lo que activa al animatrónico Freddy para atrapar a William, pero él logra apagarlo con facilidad y se deshace de él.

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Puppet se da cuenta de que necesitará más ayuda que un simple animatrónico, así que contacta con las almas de los niños asesinados en el 85, Gabriel, Fritz, Jeremy y Suzie, las cuales vagaban por la pizzería. Puppet, quien era capaz de usar un poco de la energía del Campo Punto Zero, introduce las almas de los niños en los animatrónicos originales Freddy, Bonnie, Chica y Foxy para que así puedan controlar a los animatrónicos y vengarse de William. William, al ver esto, decide renunciar, pues los animatrónicos eran demasiado peligrosos para él. Además, en el restauranre habían dos seres oscuros más que buscaban acabar con William. Estos eran los Shadows.

Los Shadows son manifestaciones físicas de la combinación de agonía con la energía Punto Zero. En este caso, Shadow Bonnie era la manifestación física de la agonía de los niños asesinados en el 85, la cual había tomado la forma de un conejo debido a que ese fue el traje que William usó para matarlos.

Pero, no era el único. Shadow Freddy también estaba ahí, la manifestación de la agonía del alma de Cassidy, la niña que William asesinó y que estaba atrapada en el traje de Golden Freddy, pero que, al no poder moverse, tomaba la forma de una sombra.

Debido a las propiedades de infección de la agonía, Shadow Bonnie infectó a los animatrónicos Toy con el dolor de los niños asesinados. Es así, que los animatrónicos comenzaron a actuar extraño y a moverse por sí solos en busca de causar caos y sufrimiento.

Jeremy Fitzgerald, el padre de una de las víctimas de la desaparición de los niños, entra a trabajar en Freddy Fazbear. Esto debido a que estaba atormentado por el remordimiento de descuidar a su hijo, por lo que quería compensarlo trabajando como guardia de seguridad. Jeremy pasa seis noches en el restaurante. Sin embargo, al séptimo día, es transferido al turno de día para que hiciera de guardia en una de las fiestas de cumpleaños. Lo que él desconocía, era que Mangle se saldría de control y mordería a Jeremy en la cabeza, arrancándole el lóbulo frontal. A esto se lo conocería como "La Mordida del 87".

Jeremy logró sobrevivir, pero quedó en estado crítico. Mientras que Fazbear, debido a esto, tuvo que cerrar el restaurante y destruir los animatrónicos que había hecho Edwin Murray, los Toy. Los animatrónicos originales fueron llevados al almacén de Fazbear, y el restaurante principal fue cerrado indefinidamente.

Después del cierre de Freddy Fazbear's Pizza, William quiso continuar con sus experimentos, pero debido al asesinato de los niños, la policía investigó a William como sospechoso. William huyó del estado para que no lo atraparan e interrogaran. No le preocupó su local de Circus Baby's Entertainment and Rental. Después de todo, este trabajaba automáticamente gracias a que William programó una inteligencia artificial llamada HandUnit.

El local seguirá recolectando Remanente y agonía él solo, sin necesidad de que William esté presente, y cuando llegara el momento, William regresaría y obtendría todo el poder.

Los inversores de William, a pesar de su ausencia, siguieron manteniendo el local, pero se percataron de que los Funtimes solían escaparse durante la noche, por lo que sellaron el establecimiento y contrataron guardias para vigilar que ningún animatrónico se fuera.