El enemigo indiscutible del lord sith eran, sin duda, los jedi, una orden religiosa que, si bien respetaban la laicidad de la República, tenían una gran importancia en sus asuntos, pues eran considerados los protectores de la democracia y la paz, y se les tenía en alta estima. Por lo tanto, neutralizarlos y eliminarlos era una de las prioridades de Palpatine. Pero deshacerse de un cuerpo de élite, bien armado y poderoso no era una tarea sencilla; simplemente no podía encararlos de frente, por lo que necesitaba una vía más sutil y efectiva, que terminó encontrando en el poder de la burocracia bélica y la ideología. Su primera maniobra fue otorgarles a los dichosos caballeros el rango de generales dentro del ejército clon. Así, los jedi se fueron envolviendo cada vez más y más en el conflicto, transformándose en el símbolo de liderazgo de la guerra. Pero la guerra harta, fatiga y desespera; y es que a medida que avanzó la lucha, ese símbolo de esperanza y alivio que los jedi representaban se deformó y degeneró en un desprecio hacia su figura, cuestionándoseles si de verdad eran los defensores de la paz que tanto solían pregonar.

Pero el involucramiento de los jedi en la guerra no solo les trajo consigo un deterioro de su reputación; también los encadenó lentamente en el sistema burocrático del Ejército y, por ende, del Estado. Para ser más efectivos en la guerra mecanizada, estos dirigentes de ejércitos debían capacitarse como 'técnicos ; por lo tanto, terminaron por formar parte del enorme engranaje mecanizado del aparato bélico como una pieza más, dejando a un lado su independencia y autonomía como orden religiosa. Esto se vio plasmado en el Juicio de Ahsoka, a quien se le inculpaba de haber cometido un atentado dentro del hangar del Templo Jedi, el cual estaba repleto de personal militar y civil . La joven padawan apeló al Consejo Jedi, la máxima autoridad de la cofradía; sin embargo, sus miembros no solo le negaron su ayuda para probar su inocencia, sino que la declararon culpable y la expulsaron de la orden, entregándola a las autoridades estatales para que encarase un tribunal de guerra, como cualquier otro miembro del ejército .

Para los acontecimientos de la Orden 66, la Orden Jedi ya estaba visiblemente mermada por la guerra, con una opinión popular por los suelos y eclipsada por el poder burocrático del Ejército y el Estado. El asesinato en masa de los religiosos no fue más que un reemplazo de una pieza más (una pieza disfuncional, vieja y atrofiada, por cierto) de la gran maquinaria bélica. Los clones dieron un golpe, pero no al Estado, sino a la Orden, a los disidentes, a los principales enemigos del Canciller; o sea, a la representación del gobierno. Por lo tanto, fue un golpe para preservar el poder, no para obtenerlo. En ese aspecto, la Orden 66 se parece más a la Noche de los Cuchillos Largos que a la Decena Trágica.