La storia riprende da dove si era interrotta la seconda stagione. Tonio Fortebbracci, dopo essere stato ferito dal giovane mafioso Fortunato Di Venanzio, entra in coma e viene assistito dal giudice De Santis.Tonio si riprende dopo e la De Santis decide di metterlo sotto protezione temendo che sia nel mirino del clan di Fortunato, presieduto da Don Tano Mancuso, che sostituisce il defunto Fred dì Venanzio. In effetti Don Tano vuole sbarazzarsi di Tonio, che è divenuto collaboratore di giustizia e per eliminarlo si rivolge alla sua fidata amante e prostituta Concetta De Nicola, detta Tripolina, la quale vive con i suoi primi figli maschi, che addestra da anni a servire la mafia (il maggiore Ettore, si trova in carcere, Giasone è il più sadico, Paride è il più debole e Patroclo è un bambino dato in adozione), ed ha una figlia femmina, Venere, che ha mandato in un collegio di suore per consentirle una vita migliore della sua e tenerla lontana dall'ambiente in cui ha fatto crescere i suoi primi tre fratelli.
Il piano di Don Tano non viene portato a compimento perché Tonio è già stato dimesso su ordine della De Santis, che lo ha spedito in una villetta fuori mano. Tonio, arrivato con la sua famiglia nella villa, decide di trovarsi un lavoro onesto, poiché stanco delle guerre e della mafia, e vuole vivere una vita tranquilla insieme alla bella e dolce vedova di suo fratello Santi, Melina, che si sta per sposare, a sua figlia Antonia ed a suo nipote Salvatore (la bambina inoltre, scoperto che Tonio è il suo vero padre, anche lei aveva chiesto a lui è a Melina di sposarsi, mentre loro si stavano baciando). Melina è contraria all'inizio, ma poi, vedendo la sua collaborazione con la giustizia lo bacia appassionatamente e dolcemente e passano la notte insieme: finalmente, dopo dieci anni. Nel frattempo la sorella di Fortunato, Carmela, che fino ad allora era stata custodita per un pò dal parroco don Raffaele, scopre cosa ha fatto suo fratello e dopo aver avuto un mancamento apprende di essere incinta da parte di Tonio, per la loro ex-relazione. Don Tano e Fortunato decidono di arrivare a Torino tramite l'unico amico che gli è riamasto, Ricky, così lo fanno rapire e torturare dai figli della Tripolina: Ricky però non sa davvero niente e quando sta per essere ucciso, Fortunato decide di sfruttarlo e, sotto la minaccia di uccidere l'anziano padre, lo costringe a chiedere alla dottoressa De Santis di poter incontrare Tonio e la donna ingenuamente acconsente.
Ricky riesce a sfuggire da Giasone e Paride ma i due hanno già scoperto il luogo dove si nasconde Tonio e quindi lo raggiungono. La dottoressa De Santis avverte Tonio appena viene trovato il cadavere di uno dei suoi poliziotti ed infatti costringe Melina e i bambina a partire e a mettersi in salvo, ma appena prima di andarsene, però, Antonia scende dell'automobile per cercare un oggetto suo rubato dalla Tripolina, che fa esplodere l'auto subito dopo per un ordine piazzato dai suoi figli uccidendo Melina e Salvatore e lasciando Tonio straziato per l'amatissima cognata.
Immediatamente dopo l'accaduto Tonio obbliga la De Santis a mettere Antonia in un collegio sotto falso nome per proteggerla e le chiede di aiutarlo a compiere la sua vendetta, ritornando mafioso. Tonio infatti si ricorda di un discorso che la De Santis gli fece mentre era in coma, in cui lei gli raccontava, tramite registrazioni segrete del defunto Vituzzo, che dietro la morte di Santi non c'erano solo il defunto Rodolfo e suo fratello Fortunato Di Venanzio, ma anche un grosso boss detto "U Burattinaio". Tonio decide allora di uccidere tutti i capimafia più importanti riuniti a Villa Di Venanzio, ma mentre sta per farlo d presenta "U Burattinaio" che ormai ha perso il potere di una volta, tanto da venire deriso ed insultato da Fortunato.
Proprio Fortunato, dopo aver adocchiato Venere, la convince a seguirlo ad una festa ma in realtà la stupra insieme ai figli dei capimafia nella sua villa: la mattina dopo, la ragazza riesce a contattare telefonicamente sua madre, a Tripolina, in ansia per la sua scomparsa improvvisa, e le dice di essere stata violentata da Fortunato ma il giovane la raggiunge alle spalle durante la conversazione e la strangola con il filo del ricevitore, uccidendola.