Ryūko Matoi une jeune lycéenne âgé de 17 ans, à la recherche du tueur de son père, qui celui-ci avait laissait la moitié d'un ciseau (taille épée).
Pour trouver le coupable, Ryūko cherche dans tout les écoles du Japon, jusqu'a trouvé le propriété de l'autre moitié dans le Kantõ, se qui c'était fait car le tueur était Satsuki Kiryūin, après sa défaite contre un boxeur qui portait un uniforme Goku, elle s'était enfuis ensuite elle a trouvé Senketsu (kamui qui lui permet de se transformé), à l'aide de Mikisugi Aikurô. Avec l'aide de cet uniforme elle a réussi à terrasser ses ennemies, aussi elle s'était faite une nouvelle amie Mako Mankanshoku. En réalité c'était Harime Nui l'assassin, elle va faire sa connaissance au élection, car elle s'était interposée contre le combat entre Ryûko et Sanageyama Uzu (l'un du conseils des quatre de l'académie Honnôji).
Harime va lui avouer malicieusement que c'est elle l'assassin de son père, ce qui fait entrer Ryûko dans une colère noir alors elle va perde le contrôle de Senketsu. Elle se transformera en monstre mais grâce à Mako elle a réussi à reprendre le contrôle.
Après cela elle a juré de ne jamais se transformer, alors Harime à changer sa personnalité en Nagessa. Et prétend qu'il hait les Kiryûin, ce qui était fait, et elle a convaincu Ryuko de se transformé puis elle lui a déchiré Senketsu et la ramener à Satsuki.
Celle-ci a donné chaque morceau de Senketsu, à ses élèves pour exécuter le Raid scolaire sur les trois cités de l'ouest.

Avant cela Mikisugi a retrouver Ryûko, heureusement elle tenait fortement dans sa main un bout de son uniforme ce qui lui a permis de trouver tous les emplacements des autres morceaux.
Le derniers était avec Satsuki, Ryûko était désavantage face à celle-ci car sans ce gant(un morceau de Senketsu) elle ne pouvait pas se transformé.
C'est à ce moment que le Nudist Beatch(une société anti-uniforme constitué de Mikisugi et Tsumugu). Pour aider Ryûko et on découvre que c'est terrorisme contre Osaka, Kyokô et n'était pas pour des élèves mais pour détruire les Nudist Beatch, un combat acharné ce fit entre Satsuki et Ryûko.
Elles allaient s'entre tuer, mais Ryuko regarde que c'est ami(e)s était mal barré (Mako contre Gamagori Ira) , (Tsumugu contre Inumuta ) , (Mikisugi contre Sanageyama). Alors elle dit à Satsuki que si elle retirera ses soldats et elle retirera son épée, ce qu'elle fit. Cependant Nonon Jacuzuri (membre du conseil) détruit le QG des Nudist Beach.
Après que l'armée de Satsuki soit partit, mikisugi va enfin révéler la vérité qui celle-ci n'est autres que les fibres vivantes sont des aliens; que celle ci attendait que les humains développent pour absorber leurs énergie; que Isshin(le père de Ryûko)est le contribuant des nudist beach; et enfin que l'espoir de l'humanité se repose sur Senketsu et elle même . En ce moment même Kiryûin Ragyõ(mère de Satsuki) va montrer à sa fille les fibres vivantes originels.

C'était l'heure du festival des sports et culture. C'est là où va transformer Ragyõ tous les gens présent en bétail pour ces fibres, mais encore une fois Ryûko et les nudist beach sont présent pour l'arrêter.
Alors que Ragyõ voulais se présenter Satsuki lui inflige Bakusan(un katanna)dans le cœur, après cet incident on constate que Satsuki s'oppose au fibres vivantes.
Ragyõ va user du fofilage d'esprit contre Ryûko qui cette dernière va réussir à le briser mais cela a fait que Ragyõ sache que Ryûko est enfaite sa fille cadette qui est censé être morte.
Quand Ryûko sut cela elle entre dans un coma pendant un mois. Après son réveil elle est partis tuer sa mère mais ce qu'elle ne sait pas c'est qu'elle va se faire porter par Junketsu(kamui de Satsuki).
Pour contre attaquer Satsuki se doit enfiler Senketsu pour être en mesure de battre Ryûko ce qui est impossible que si on donne la chance au conseil des quatre. Avec l'aide de Mako ils ont réussi à extraire Junketsu de Ryûko.
Après cet incident on découvre que Nui est faite entièrement de fibre vivante, Ryûko se retransforme avec Senketsu et elle va récupérer les deux part du Scisor Blade, avec celui-ci elle arache les deux bras de Nui, elle alla l'achever mais Hoomaru était venu la secourir.
Après avoir laissé des Covers, mina ont réussi à les vaincre et grâce à cette victoire ils ont récolté beaucoup de fibres vivantes pour un power up.
Première étape : Ils ont fait une diversion pour que Ryûko puisse vaincre les fibres vivantes originelles. Deuxième étape : Iori a restauré tous les uniforme goku de tous les élèves. Troisième étape : Ils faut détruire l'émetteur qui se trouve à l'académie honnôji.
Nui fit son appartient avec le Shinra koketsu qui est le Kamui le plus puissant, après avoir utilisé la soumission absolue ce qui fit stopper tous les uniformes ainsi Senketsu, mais à l'aide des fibres vivantes dans le corps de Ryûko elle a réussi contre attaquer Nui qui celle-ci avait blessé Gamagori qui lui protégeait Mako.
Alors que Ryûko continuait à ses blesser, Senketsu s'inquiété beaucoup alors que Satsuki essaye de le calmer, alors il se rendit compte que celle-ci pouvait l'entendre.
Il attaqua Ragyõ qui celle-ci fut confuse de cet imitation, la soumission devenu inutile et tout monde peut contre attaquer.
Alors que Sanageyama et Nonon étaient occuper avec les clones de Nui, Gamagori ouvre la barrière du l'émetteur, ainsi Mikisugi et Tsumugu l'expose.
Nui va abandonner son corps pour pouvoir contrôler les fibres vivantes et l'utilise pour résister Ragyõ, qui celle-ci va au satellite pour réveiller les fibres vivante et appliquer la Natavité De La Sphère Cocon, alors Ryūko fera un patshout de toute les fibres à sa disposition.
Alors elle va la rejoindre et un combat sans merci éclata... Ryūko s'approprie la soumission absolue et ordonne aux fibres vivantes de laisser les humains. Ragyõ prise de sa défaite elle se tue en disant que les fibres vivantes vont revenir.

P.D.V.de l'auteur.
Bah c'est tout, j'ai fait de mon mieux pour vous résumer ce manga mais je vous conseille de le regarder ou de le lire pour mieux comprendre.