Las flotillas rápidas son agrupaciones de naves dedicadas a la respuesta rápida, empleadas para atender a las llamadas urgentes de ayuda o para contener ataques repentinos, a menudo en combinación con las flotas de combate.

Existen algunas flotillas rápidas acartonada en sectores específicos y estratégicos, mientras otras se encuentran en constante movimiento realizando labores de patrulla y vigilancia de áreas de interés concreto. Su creación y asignación a los distintos sectores se creación a finales del siglo XXIV tras la Guerra del Primer Contacto.

El número de naves que componen una flotilla rápida es un mínimo de 25 naves, si bien este número a menudo podía aumentar dependiendo de las circunstancias. Generalmente cuentan con un conjunto naves ágiles, si bien lo que le falta en tamaño y potencia superior en comparación con una flota de combate, le compensa tanto velocidad como capacidad de fuego. La composición general incluía especialmente destructores, fragatas y corbetas además de otras naves de utilidad específica.

La configuración zonal de las flotillas rápidas responde a criterios de cobertura territorial máxima. Sus asignaciones eran las siguientes:

-1ª Flotilla - Sector Local
-2ª Flotilla - Sector Argos
-3ª Flotilla - Sector Artemisa
-4ª Flotilla - Sector Ática
-5ª Flotilla - Sector Éxodo
-6ª Flotilla - Sector Geminis
-7ª Flotilla - Sector Hades
-8ª Flotilla - Sector Bucéfalo
-9ª Flotilla - Sector Serpiente