Las flotas de combate son agrupaciones fijas de naves que se dedican a intervenciones y confrontaciones directas planificadas, misiones de erradicación, contención, vigilancia o exterminio. La creación y asignación a los distintos sectores se estableció tras la Guerra del Primer Contacto a finales del siglo XXIV.

Las flotas de combate se establecen así como elementos de protección de los distintos territorios del Imperio. Menos ágiles que las flotillas rápidas por su composición y naturaleza de los cruceros que la componen, pero completamente necesarias para enfrentarse a amenazas que pueden aparecer en las fronteras imperiales y que requieran una respuesta contundente.

El número de naves que componen una flota de combate es un mínimo de 75 naves, si bien este número a menudo se incrementa dependiendo de las circunstancias.

Su composición incluye portanaves, acorazados, cruceros, destructores y fragatas, y en medida transporte logístico, de modo que la gran mayoría de las naves son específicamente buques de guerra armados para este objetivo.

La configuración zonal de las flotas de combate responden a criterios de cobertura estratégica en combinación de las flotillas rápidas, si bien las grandes distancias y preparación requerida limitaban notablemente sus actuaciones.

A principios de la segunda mitad del siglo XXV sus asignaciones eran las siguientes:

-1ª, 2ª y 3ª Flota - Sector Local (sistema Helios)
-4ª Flota - Sector Argos (3 sistemas)
-5ª Flota - Sector Artemisa (4 sistemas)
-6ª Flota - Sector Ática (2 sistemas)
-7ª Flota - Sector Arturo (2 sistemas)
-8ª Flota - Sector Éxodo (2 sistemas)
-9ª Flota - Sector Geminis (2 sistemas)
-10ª Flota - Sector Hades (5 sistemas)
-11ª Flota - Sector Bucéfalo (3 sistemas)
-12ª Flota - Sector Serpiente (antiguo Imperio Tzynn) (3 sistemas)