Los Slendytubbies luego de tener que dar una gran pelea contra sus enemigos los soldados quienes estos salieron victoriosos, pero con la obligación de abandonar su hogar natal debido a la guerra que tuvieron que quedó un completo caos haciendo que estos se larguen de hay llegando a la ciudad de Japón donde sería su nuevo hogar todo mientras se esconden de los humanos

Pero por un suceso horrible los Slendytubbies terminarían siendo secuestrados por el gobierno quienes al querer buscar comida fueron descubiertos siendo llevados todos y cada uno de ellos lejos del lugar siendo conocidos como unos monstruos, solo los que quedaron de pie fueron "Walten", "Shadow Tubbie" y "Ghost Girl"

Quien el trío al ser los únicos estos escucharían que sus amigos serán llevados a un lugar extraño conocido como "El Área 51" para que los científicos los estudien, así que ahora el trío tienen una misión y esa es, salvar a sus amigos antes de que sea demasiado tarde

Pero no solo eso, ya que tendrán la ayuda de un quinteto de amigos conformados por un chico promedio, un castaño pintor, un pelinegro fabricante de muñecas, un universitario y un peliazul tutor quienes estos no les importaron como eran ya que son amigables, quien el quinteto junto a sus amigos y novias, ayudaran al trío de Slendytubbies a salvar al resto de sus amigos antes de que sea demasiado tarde