Teorie je, když víme vše, ale nic nefunguje.

Praxe je, když vše funguje, ale nikdo neví proč.

V laboratoři, kde se teorie a praxe kombinují: nic nefunguje a nikdo neví proč.

____

Přestože výše napsaný citátek má být vtip, je až neuvěřitelné, jak přesný je. Je to jakési motto, kterým se dá svým způsobem řídit. Nebo ho použít jako úlevu srdíčka, když experimenty nevycházejí tak, jak by měly. Stačí se podívat na ty tři napsané věty a člověk cítí to utěšování a empatii ze všech stran světa. Nejsme jediní, kdo zápolí. Je nás několik milionů. A každý jeden človíček z těch několika milionů si každou sekundu smutně povzdychne a beznadějně pohlédne na obrazovku monitoru. Na gel z elektroforézy. Na snímek z mikroskopu. Cokoliv.

Proč je náš vůbec tolik?

Koukněte se nad sebe, na hvězdnou oblohu. Vidíte pár hvězd a černé nebe. Když však vezmete teleskop, uvidíte v té černotě nové hvězdy. A pokud přibližujete dál, ať už na černou oblast nebo hvězdu, zase se vám odhalí další množství hvězd. A další, a další...

A každý vědec takto přibližuje tím teleskopem a soustřeďuje se na jednu hvězdu, jen aby zjistil, že se za ní schovává dalších deset. Takže si vybere jednu z nich, někdo další zase jinou. Ale ejhle, zase další hvězdy!

Ve výsledku jsou vědci tak úzce profilovaní, protože prostě není možné pohltit informace více hvězd, jak obsáhlý a rozlehlý ten vesmír je. A čím vzdálenější od sebe hvězdy na obloze jsou, tím nemožnější to je.

Jsou lidé, kteří jsou experti na salmonely, jsou experti na E.coli. Ale tito experti nemají potuchy o boréliích nebo klostridiích, pouze okrajově – jako člověk, který se dívá na nebe bez teleskopu, k tomu ve městě, a nevidí tak ty hvězdy schované ve světelném smogu. Zeptejte se mě na stafylokoky a já vám sice řeknu informace o pěti odrážkách, ale ne obsah celé knihy o 700 stránkách. A proto je důležité, aby nás bylo hodně, ale zároveň také, abychom nezatvrdli pouze ve své specializaci a neustále měli otevřené dveře novým informacím, které k nám mohou doplout přes konference, zajímavé přednášky nebo různé spolupráce.

O to více mi však přišlo vtipné, jak se během covidové pandemie najednou vyjadřovali lidé všech různých oborů, kteří do problematiky nemohli pořádně vidět, ale rázem z nich byli ti nejlepší specialisté. Lékaři, kteří bojovali proti vakcinaci – ví oni vůbec, co ta mRNA vlastně je a jaký je její osud? Molekulárníci, jejichž dosavadní zaměření nemělo s viry co do činění a kteří asi nikdy neviděli asijskou tržnici, rázem tvrdí, že byl vir umělý? A ještě horší jsou pak všichni ti amatéři-specialisti, kteří hlásají svoji pravdu a konspirační teorie o testování, aniž by tušili, jak PCR vůbec funguje. Celé to období jsem byla nonstop na hranici dilematu: smát se nebo brečet? A pomůže mi vůbec něco z toho?

Ještěže je toto strastiplné období za námi. Nahradilo ho jiné.

Uplynul více jak měsíc, co mi do mailu konečně přistály výsledky z Illuminy. Než mě však ovládlo nadšení, znervóznil mě komentář Anity, která sekvenaci prováděla.

Opakovala jsem to třikrát a stále stejné výsledky. Něco je fakt divnýho, zavolej mi.

Mírně nejistá, uložila jsem přílohu a otevřela excelovskou tabulku o 4600 řádcích – výstup celého zdlouhavého procesu.

Tato tabulka obsahovala data ze sekvenování. Sloupec s číslem tzv. OTU, který sdružuje ty nejbližší, nejstejnější sekvence; následně dlouhá řada taxonomického zařazení, od domény až po rod; a pak sloupce odpovídající jednotlivým vzorkům, které obsahují číslice – zastoupení daného OTU.

Anita mi zaslala i doplňující tabulku, jež ke každému OTU přiřadila i osekvenovanou sekvenci genu pro 16S rRNA. Tu jsem si však neotevírala, upřímně, ta změť písmenek ATGC mi toho moc neříká. Jen by to na mě vybaflo a nelišilo by se to od spořiče obrazovky s motivem Matrixu.

Vybavila jsem si naše dosavadní výsledky, které se podařilo za tu dobu čekání získat.

Z aerobů jsme tam našli hodně pseudomonád, aeromonády, pár bacillů a další, celkem běžné druhy, především ve hloubkách do 200 metrů. Logicky. Hlubší prostředí jim neposkytuje vhodné podmínky – nemají kyslík a jejich alternativní zdroje elektronů jsou lépe využitelné jinými mikroorganismy. Izolovali jsme je a identifikovali celkem rychle. A teprve teď se začaly testovat na erozi hornin. To jde dobře.

Pak, co se týče druhé stránky a zkoumání anaerobních mikroorganismů, tak je to vždy pomalejší, především, když se pracuje s choulostivějšími mikroorganismy. Máme potvrzenou produkci sirovodíku, ale také metanu. Vzorky s minerály stále necháváme, aby měly ty breberky dost času s těmi šutry něco udělat. Snažili jsme se izolovat čisté kultury SRBů, ale to se nám podařilo pouze do hloubky 300 metrů. Ti v těch vzorcích z větších hloubek prostě nechtějí růst takto sami, bez kamaráda. Takže na tom se hodně zdržujeme.

Co nás ale ještě více zdrželo, je skutečnost, že se ve vzorcích z hloubek od 400 metrů objevuje metan, přestože typická a charakteristická schopnost metanogenů svítit v mikroskopu po ozáření UV lampou nebyla vůbec zaznamenána. Každý metanogen svítí, ať chce nebo ne. Je to fakt, s nímž jsem žila již od bakaláře. A najednou nám stoupá hladina metanu, aniž bychom viděli jen blik pod mikroskopem? Sama jsem si k mikroskopu sedla, abych se přesvědčila, a opravdu!

Takže to bylo divné.

A v poslední řadě se PCR na Asgarďany vůbec nepovedlo. A to jej Marťas opakoval dvakrát.

Je možné, že v té díře nejsou? Ti, kteří úplně milují extrémní prostředí, kteří si sedí na kamíncích v hloubkách 2300 metrů pod hladinou moře, v teplotách dosahující 70°C, s tlakem 250 barů... Tak ti v této krásné, záhadné a temné jeskyňce nejsou? Ne, neberu žádné výmluvy, že v ní nejsou dostatečně extrémní podmínky, jelikož jsou – určitě jsou druhy, které takto náročné nejsou. A to je to prokázáno molekulárně i kultivačně, jinak by ti Japonci i Rakušáci tehdy nepublikovali svá data v Nature.

Takže, byli jsme z toho trochu skleslí.

Snad mi sekvenace genu pro 16S rRNA přinese odpovědi...

Na první pohled nic divného nebylo. Data byla lehce pomíchaná, takže po archeonovi naskočil OTU bakteriální, a pak zase archeální. Nic, co by se nedalo vyřešit klasickou excelovskou funkcí filtru a seřazení.

Označila jsem celou tabulku a naklikala, co potřebovala. Zběžně mi před očima proběhlo pár dat, jež se ničím nevynikaly normálu. Nějaké ty pseudomonády, jak jsme již určili, Desulfovibrio, Methanobacterium...

Jenže jakmile jsem dala seřadit, můj obličej lusknutím prstů zestárl tak o třicet let. Všechny potlačované vrásky se zvýraznily, až jsem připomínala svoji vlastní matku.

Nějaká chyba v sekvenaci? Nebo spíše, ve softwaru? V programu, kterým se ty data zpracovávala? Blbla databáze nebo co?

Dejme tomu, že prvních 30 archeálních OTU sedělo. U bakterií, jak jsem skrolovala níže, těch normálních dat bylo mnohem více. Ale proč?! Proč najednou, jako kdyby někdo narýsoval čáru a rozhodl se si ze mě udělat srandu – proč se najednou ve všech okýnkách tabulky ukazovalo NA jako Not assigned? Jaký sakra NA? Co bylo za problém, že nedošlo k přiřazení taxonu a vyhodilo to NA? A proč NA už od domény? Co to jako má být? A proč tato NA tvořila skoro polovinu všech OTU?

Samozřejmě, že jsem okamžitě popadla telefon, připravená zdrbat Anitu za odfláknuté zpracování.

Zvedla mi to téměř okamžitě, jako kdyby můj telefonát očekávala.

„Anito, prosím tě, co to má být?"

„Co asi? Výsledky z Illuminy, no."

„Jo? A já si myslela, že někdo pustil svý dítě ke klávesnici, a to se zabavilo nekonečným ťukáním na N a A!"

„Jo, ale já děti nemám," obhájila se okamžitě Anita s úsměvem na tváři, úplně jsem to na ní viděla!

„A co s tím mám teda dělat? Jako, graf nějaký udělám, ale co, půlka bude šedá? A to mám jako publikovat?"

„To fakt nevím, Nadi. Ale navrhuju, jestli máš teďka čas, jo, abys za mnou zašla. Ukážu ti, jak jsem to zpracovala, a že prostě... Jako, nic lepšího s tím fakt nejde udělat."

Co jiného mi zbývalo? Okamžitě jsem se zvedla a přešla od nás do cizího pavilonu, do nějž jsem ani neměla přístup. Stepovala jsem před skleněnými dveřmi a pokoušela zkrotit svůj dech. Po všech těch drobných nepodarcích mě tohle hodně znepokojilo. Prostě období, kdy se zase sere každý den. Kdy nic nefunguje, jak má, a my nevíme proč.

Dneska obzvlášť.