Nel corso della serie i personaggi imparano a vivere esperienze sempre più mature; questa evoluzione si riflette anche nell'ambito dei temi trattati: dagli aspetti prettamente adolescenziali come le ribellioni, la fiducia in se stessi, la curiosità, la scoperta dell'amore, l'impulsività e i relativi errori si passa a elementi più maturi come il potere politico, le strumentalizzazioni mediatiche, il razzismo, la depressione e la morte. I libri assumono toni più tenebrosi a partire dal Prigioniero di Azkaban, con l'introduzione dei dissennatori, e soprattutto nel Calice di fuoco. La magia, presentata inizialmente come un'essenza ludica e affascinante, rivela di poter diventare un potere in grado di arrecare danni tragici e irreversibili.[84]

La morte rappresenta, a detta della stessa Rowling, uno dei più fondamentali temi della saga.[85] Il confronto del protagonista con la morte viene presentato sin dai primi capitoli, con il riferimento alla sua condizione di orfano, causata dall'assassinio dei genitori da parte di Voldemort. Nel corso della saga Harry vive la morte dei genitori, sacrificatisi per lui, come un vuoto da colmare, per poi riuscire, tramite il suo vissuto e le sfide che affronta, a rasserenarsi. Il suo mentore Silente gli offre numerosi insegnamenti sulla morte, spiegandogli inoltre che, con l'approccio corretto, «la morte non è che una nuova, grande avventura». Il rapporto confidente di Silente con la morte viene mostrato quando, dopo essere stato maledetto dall'anello di Orvoloson Gaunt, organizza efficacemente la sua dipartita.[86] Le ultime quattro lettere del nome dell'antagonista Voldemort, mort, fanno riferimento alla parola latina che sta per "morte". Il desiderio di immortalità di Voldemort ricopre un ruolo fondamentale nel primo libro, nel quale provoca la morte di un unicorno, simbolo di purezza e innocenza, e dei coniugi Flamel, che devono rinunciare alla pietra filosofale,[87] per poi essere associato agli Horcrux nel corso degli ultimi libri.[88] Nel corso dell'opera Harry diventa testimone della morte di numerosi personaggi, il primo dei quali è Cedric Diggory, nel Calice di fuoco;[89] Il ragazzo prova l'esperienza del lutto in particolare dopo la morte del suo padrino Sirius Black nell'Ordine della Fenice, relativamente alla quale vive una fase di iniziale negazione dell'accaduto, di senso di colpa, di rabbia e infine di accettazione.[80] L'iscrizione che Harry trova nella tomba dei genitori nell'ultimo romanzo è un riferimento a un passo della Prima lettera ai Corinzi che recita «L'ultimo nemico a essere annientato sarà la morte», che erge Harry a figura salvifica, pronto a sacrificare la sua vita e ad andare incontro alla morte per la salvezza dei suoi cari.[90]

La profezia pronunciata da Sibilla Cooman si riallaccia al tema del rapporto tra libero arbitrio e predestinazione.[91] Da un lato, Silente risalta la libertà di scelta di Harry e l'autrice sottolinea la scelta del protagonista di affrontare Voldemort indipendentemente dalla profezia; dall'altro, Harry non è realmente libero nel decidere se affrontare il suo antagonista, ma viene costretto, non potendo prendere in considerazione di sfuggire al suo destino, dal momento che Voldemort, interpretando a suo modo la profezia, ha inconsapevolmente tracciato il destino del suo nemico.[92] La profezia si riallaccia al potere dell'amore, che porta Harry a sacrificarsi per la comunità magica, similmente a quanto fatto per lui dalla madre Lily, proteggendolo dal suo nemico. La forza dell'amore viene mostrata già nell'Ordine della Fenice, quando Voldemort fallisce nel tentativo di possedere Harry non appena quest'ultimo rivolge il pensiero al suo padrino Sirius. Nello stesso libro Silente definisce l'amore come «una forza che è al tempo stesso più meravigliosa e terribile della morte, dell'intelligenza umana, delle forze della natura». Il forte potere che l'amore ha nell'ambito della magia ricorre nel Principe mezzosangue, nel quale Ninfadora Tonks e Merope Gaunt dimostrano di avere difficoltà nel controllare le proprie abilità magiche a causa delle mancanze affettive per le quali soffrono.[93]

I temi sociali rivestono un ruolo fondamentale nell'opera. L'identità familiare è alla base di una solida gerarchia sociale nel mondo nel quale è ambientata la saga. Il ruolo della famiglia nella crescita dei personaggi viene reso evidente soprattutto nei personaggi della famiglia Weasley e nell'accoglienza offerta dalla Tana,[94] in opposizione ai Dursley e nel loro rigetto di qualunque elemento considerato estraneo al loro desiderio di conformazione e alla loro interpretazione della normalità.Atteggiamenti classisti vengono adottati dai Malfoy nei confronti dei Weasley,[96] mentre le difficoltà vissute da Remus Lupin in quanto lupo mannaro si ricollegano ai pregiudizi nei confronti dei malati di HIV.[97] Il mondo magico presentato nell'opera non è esente da pregiudizi di matrice razziale, evidenti soprattutto nelle idee della purezza di sangue e nel rigetto di nati babbani e maghinò condivise da una cospicua parte della comunità magica.[98] I Mangiamorte, nel loro vestiario e nei loro crimini contro singole famiglie babbane, ricordano il Ku Klux Klan.[99] Voldemort, coerentemente alle idee del suo antenato Salazar Serpeverde, avvia nei Doni della Morte una campagna di epurazione della comunità magica, volta a realizzare una società purosangue. La natura mezzosangue di Voldemort, il cui padre era un babbano, esprime l'intenzione dell'autrice di dimostrare come l'intolleranza delle persone porti queste ultime a proiettare sugli altri quello che considerano essere i propri difetti, per poi tentare di distruggerle.[100]

Nei libri viene affrontato anche il tema della brama di potere, evidente, oltre che in Voldemort, nei rappresentanti del Ministero della Magia, massima autorità istituzionale del mondo magico britannico. I Ministri della Magia succedutisi nel corso dei libri esprimono maggiore preoccupazione per quanto riguarda l'ascendente che hanno sull'opinione pubblica, rimanendo incuranti delle reali emergenze. Cornelius Caramell si rifiuta di ammettere e di avvisare la comunità magica del ritorno di Voldemort, preferendo screditare Harry e Silente nel corso dell'Ordine della Fenice, mentre Rufus Scrimgeour fa arrestare vari innocenti, come Stan Picchetto, pur di dimostrare alla comunità l'efficienza del Ministero nell'opporsi ai Mangiamorte. Harry, comprese le dinamiche corrotte del Ministero, si rifiuta di farsi usare da questo per ottenere il sostegno popolare.