Mặc dù đã trải qua những ngày tháng với những song gió, hoài bão, cả hai nhóm: các sĩ quan cảnh sát điều tra về cô bé bí ẩn ngày nào và Shinichi cùng Haibara cố gắng tìm những thông tin về tổ chức áo đen bí hiểm. Có thể nói, đó là những công việc rất cần đến sự kiên nhẫn, nhưng hai năm đã trôi qua, những thông tin về cô bé gái bí ẩn và tung tích của tổ chức áo đen đó vẫn chưa tìm hiểu được nhiều. Với sự kiên nhẫn hết mình, họ vẫn quyết tâm làm những việc, hành động mà suốt bao ngày tháng họ đang làm. Hẳn là với người ngoài, họ sẽ nghĩ rằng những người đó quả thật điên rồ mà làm những điều vô vị đó.

            Hai năm đã trôi qua, một ngày mùa thu ấm áp và se se lạnh, Shinichi và Ran chuẩn bị bước vào trường đại học Tokyo ngày đầu tiên. Tuy vẻ ngoài của Shinichi thể hiện một tâm trạng rất vui vẻ, nhưng không hiểu sao, những suy nghĩ của cậu lại có phần bất an và cảm thấy như bao những chuyện nguy hiểm sắp ập đến.

            Quả là một thám tử nhạy cảm. Khi Shinichi đang đứng ở cửa chính của ngôi trường thì bất chợt cậu nhận được một cuộc gọi từ Haibara, cậu không chần chừ để đứng suy nghĩ, mà ngay lập tức cậu nhấc máy, vừa chạy về, vừa nói chuyện. Cậu đang mải suy tính về những chuyện nguy hiểm từ cuộc gọi đó, bất chợt cậu quên mất Ran. Cô chỉ còn biết đứng chần chừ ở đó và lo âu, suy nghĩ, không hiểu được rằng Shinichi sắp xảy ra chuyện gì.

            Còn Shinichi, sau khi vừa đặt chân vào nhà thì cũng là lúc một lá thư đe dọa bất ngờ rơi trực tiếp trên đôi vai Shinichi.

            Bức thư nói rằng:" Oh, cậu thám tử trung học lỗi thời, ko biết cậu đã bỏ nghề từ lúc nào rồi nhỉ, nhưng có vẻ như không có cậu thì các vụ án trong hai năm qua thật khó khăn hơn với cảnh sát điều tra nhỉ, hay họ quá dựa dẫm vào cậu chăng? Haha, ngươi không biết rằng ngươi đang đối mặt với bao chuyện nguy hiểm với một kẻ đang bị truy nã của tổ chức suốt bao năm nay. Nếu cậu không muốn những người thân xung quanh cậu hay chính cậu sẽ mất mạng dưới tay một tổ chức của bọn ta. Chính vì vậy, cậu hãy mau mau đưa kẻ đó ra đây để bọn ta xử lý gọn gang."

            P/S: "Hãy đưa nó đến nhà kho số 23. Hơn nữa, trong tay ta đang giữ "người bạn gái yêu dấu" của ngươi đấy, Kudo Shinichi"

            " Cảm ơn cậu thảm tử và bác Agasa với sự chăm sóc ân cần và giúp đỡ tôi suốt bao năm qua, có thể tôi chính là mấu chốt gây nên phiền phức cho hai người. Chắc hẳn sau khi đọc bức thư đó, ai cũng biết rằng người chúng muốn nói đến là "tôi"." – Đây là lần đầu tiên Haibara nở một nụ cười, thay vì vẻ lạnh lung ngày nào.

            " Sherry, Miyano Shiho!!! Cô nghĩ cô đi như vậy là mọi việc sẽ xong xuôi như một làn gió sao. Nói vậy chẳng nhẽ suốt hai năm qua, những gì tôi và cô làm đều vô vị? Còn chúng tôi chỉ ở đây như những kẻ ngốc ư: nhìn người cần sự giúp đỡ và ngồi đây mà cười sao?"

           "Nhưng..." – qua một tiếng "nhưng" này, Haibara như một cô bé 6 tuổi thật sự vậy, thể hiện rõ sự ngây thơ và đáng yêu.

           " Không nhưng nhị gì nữa. Dù tôi có là một thám tử lỗi thời, bỏ nghề đã lâu nhưng tôi cũng không muốn trở thành một kẻ ngu ngốc trong tình huống này.

           Cô biết rằng những lúc thế này, khó có thể cãi cọ được với Shinichi, nên cả hai cùng sát cánh chủ động đến nhà kho đó. Vừa bước vào nhà kho, họ nhìn quanh không hề thấy người nào hay tung tích gì của bọn chúng, có thể trong này quá tối tăm. Khoảng vài giây sau, tầm 10 tên cầm gậy vây quanh họ, mặt tên nào cũng hằm hè như muốn đập họ ngay vậy. Nhưng chưa có mệnh lệnh của tên đầu não thì tên nào dám đả động. Quả thật vừa nghĩ đến hắn, hắn tiến đến với bộ dạng khá chỉnh tề và nghiêm túc, nhìn vẻ bề ngoài của hắn, hẳn chẳng ai dám nghĩ bên trong hắn chứa đứng một trái tim đen, xấu xa như thế nào, bên cạnh là một tên cũng mặc đồ đen đưa Ran ra trước mặt Shinichi và Haibara. Nhìn vẻ mặt và tâm trạng của cô lúc bấy giờ, Shinichi cũng đủ biết hắn đã làm tổn thương cô ta như thế nào. Nhưng giờ không phải lúc để hối hận mà lo âu. Mặc dù Ran có karate, nhưng thời điểm cô bị bắt cũng là khi Shinichi vừa quay lưng đi chạy hối hả. Tâm trạng của cô lúc đấy nào có kịp suy nghĩ gì, bọn chúng bắt cô nhanh gọn và cô chỉ biết buồn lo. Ngay sau đó, bọn chúng thông báo với cô:" Nhìn tâm trạng của cô thế này, hẳn là cô đang lo lắng cho tên thám tử khốn nạn đó phải không, Ran Mori. Yên tâm đi, cô sẽ được gặp hắn sớm thôi."