Základní příběh v Detective Conan začíná tím, že Shinichi Kudo, slavný středoškolský detektiv, je otráven a následně změněn v malého chlapce. Protože by byl vystaven nebezpečí, pokud by se vrátil zpět k svému původnímu jménu, rozhodne se používat jméno Conan Edogawa. V průběhu série řeší Conan spoustu kriminálních případů, přičemž se snaží získat důkazy a odhalit pachatele. Během svého putování potkává nové postavy, jako třeba Ai Haibaru, která mu nakonec pomůže najít lék na vrácení zpět do jeho původního těla. Dohromady řeší složité případy a pomáhají těm, kteří to nejvíce potřebují, přičemž se neustále snaží najít východ z Conanova “malého” problému. Celkově je zápletka Detective Conan velmi zábavná a napínavá, a proto se jedná o jednu z nejoblíbenějších anime a mangových sérií v historii.