Des années sont passés. XANA a été vaincu. Tyron aussi. Sauf qu'un jour deux nouveaux étudiants découvrent l'Usine, et le Supercalculateur. Ils découvrent tout, et décident  de garder le secret. Piqué par la curiosité, ils allument le Supercalculateur. Et ce qu'ils virent a changé leur vie pour le meilleur et pour le pire.

Plongez dans l'aventure, d'une bande luttant contre un nouveau programme maléfique. Mais durant cette bataille, il y aura plusieurs sentiments, tel que la colère, la trahison, la déception, la tristesse. Mais aussi la joie, le bonheur, l'amitié et peut-être même de l'amour?