Ok, pensé que lo mejor seria, primero, explicar de que va todo esto. Este cómic trata un tema muy complicado y largo, por lo que intentaré no aburrirles y explicárselos de la forma más simple que pueda.

En el cómic, todo comienza cuando una escuela explota por culpa de una disputa entre héroes y villanos menores. Esta explosión (causada por Nitro), deja cientos de víctimas, lo que hace que todos reaccionen para mal. Las personas comienzan a hacer grupos en contra de todos estos súper héroes (algo así como lo que se ve en las películas de los X-Men), que inclusive llegan a tener efecto en Jhonny Storm y Tony Stark.

El gobierno termina decidiendo que los súper héroes no tienen porque tener el poder de destrozar y matar todo lo que ellos quieran. Por eso, sale el acta de registro de súper humanos, el cual obliga a todos los súper héroes a revelar su identidad secreta y trabajar para el gobierno, y le piden a todos que lo firmen. Para que entiendan, es como un contrato, por eso, necesitan la firma de todos.

Como sabemos, en los cómics todo sucede en un mismo momento. En el cómic participan tanto los Vengadores, como los mutantes y los Cuatro Fantásticos (lo que incluye a todos los personajes secundarios y villanos de estas series). Todos tienen que tomar una decisión, si firmar o no el tratado. Esta fue una decisión muy difícil para todos porque, no importará si estabas de acuerdo o en desacuerdo, siempre terminarían estando en contra de amigos o familia.

Aunque la Guerra Civil es muy grande y abarca a todos los personajes, todo esta centrado más que nada en el Capitán América y Iron Man. El Capitán América piensa que el acta esta en contra de la libertad de los demás súper héroes (todos sabemos que el Capitán defiende la libertad más que nada), mientras que Iron Man piensa que esta bien puesto que, si no, serían como los villanos al hacer lo que quieran, sin importar si esta bien o no. 

Si bien al principio esta guerra no es del todo una guerra, puesto que nadie era herido de muerte, de a poco se va agravando el tema. Si bien lo que lo hace peor son distintos factores, lo que hiso que la bomba explotará fue cuando Bill Foster (Goliat Negro o el segundo Hombre Gigante) fue asesinado por el clon de Thor, creado por Tony Stark, Reed Richards y el Doctor Pym. En ese momento, todos se dieron cuenta de lo serio que se había tornado la guerra, por lo que muchos cambian de bando. En el caso del bando del Capitán América, Halcón Nocturno y Estatura deciden cambiarse al bando de Iron Man. Mientras que la Mujer Invisible, la Antorcha Humana y SpiderMan se cambian al bando del Capitán América, puesto que ellos estuvieron desde el principio en contra de la idea de crear un clon de Thor. Además ellos tampoco estuvieron de acuerdo con el uso de la Zona Negativa (una dimensión paralela) como prisión para mantener a varios súper héroes que estaban en desacuerdo al acta. Todo esto obliga a súper héroes que se mantenían neutros a elegir un bando. 

Fue entonces cuando, Iron Man se da cuenta que el equipo del Capitán América comienza a tener más integrantes que el suyo. Para solucionar eso, él decide reclutar súper villanos. También surgió la Iniciativa de los 50 Estados, que consiste en que Reed Richards, Henry Pym y Tony Stark comenzaran a crear grupos de súper héroes y que estos se asignarían para cada Estado de Estados Unidos.

Después de que Punisher consigue información sobre la Zona Negativa, el equipo del Capitán América va allí para intentar rescatar a los súper héroes. Justo cuando todos ellos están escapando de la Zona Negativa, SHIELD se entera y empieza a cerrar las puertas. Llega el equipo de Iron Man y uno de los trasladores lleva a todos los súper héroes y SHIELD a Nueva York y, aquí, comienza la guerra final.

La pelea entre Capitán América y Iron Man es brutal y el Capitán América comienza a romper la armadura de Iron Man como puede. Cuando esto sucede, Iron Man se da cuenta de lo serio que se torno todo. Entonces, Iron Man comienza a decirle al Capitán América, mientras pelean, que todo esta siendo un caos. El Capitán se da cuenta que Iron Man tiene razón y decide entregarse a la policía. Así, toda la guerra acaba.

Cuando el Capitán América esta caminando al estrado, para recibir su juicio, una bala impacta contra su hombro (CrossBones). Todos entran en pánico y, de golpe, más balas impactan contra el cuerpo del Capitán América (en el estómago y en el pecho). Los disparos en el estómago y en el pecho fueron ejecutados por Sharon Carter que, en ese momento, se encontraba bajo el control mental de Red Skull. Esos disparos fueron los que dieron fin a la vida de Steve Rogers.

Steve Rogers muere el 27 de Marzo de 2007.