Como se mencionó en el párrafo anterior, la korenización llegó a su fin con el inicio de la Gran Purga en la década de los 30 ́s. El dictador georgiano dejó de ver con buenos ojos las políticas de autonomizar y ensalzar el orgullo étnico de las diversas regiones soviéticas, pues creía que en ellas estaba la posibilidad de avivar alzamientos e intentos de independencia, así como fungir como vías de fraccionamiento ideológico y la posible reintroducción de políticas capitalistas en las comunidades. Esta paranoia estatal se avivó con el inicio de la Segunda Guerra Mundial y se puso en foco de mira a etnias fronterizas y problemáticas, tales como los fineses, chechenos, prusianos, ucranianos y manchúes, como posibles amenazas para la seguridad nacional.
Es entonces que inicia un proceso en total reversa. Se suprimen las clases de idiomas regionales y, en su lugar, se empieza a impartir ruso obligatorio en todas las escuelas; se prohíbe el festejo de tradiciones comunales; se reemplazan a varios funcionarios estatales de las distintas repúblicas y óblasts que tenían un origen étnico específico por rusos provenientes del interior europeo, mas fieles al Partido y al Estado. En suma, la U.R.S.S., en su totalidad, empieza a rusificarse.
En esta época de terror y oscurantismo científico, los antropólogos sufrieron en carne propia las persecuciones y conspiraciones que el gobierno soviético implantaba en todos los disidentes o posibles disidentes. No existía, por ende, la capacidad de formar denuncias formales hacia el modus operandi del Estado, que veía a cada uno de los investigadores ya no como intérpretes y traductores de otras culturas, sino como sospechosos potenciales; sospechosos que fácilmente se convertían en claros culpables. Esto se vio representado en varios simulacros y juicios a antropólogos bajo la acusación de espionaje a favor de los finlandeses y japoneses.
La academia, excluida y prácticamente incomunicada de sus contrapartes occidentales, terminó acorralada en una posición que, de alguna u otra forma, la comprometía: o debía estar totalmente subordinada al régimen estalinista, o levantaba la voz en protesta, arriesgándose a ser borrada del mapa para siempre. Algunos científicos optaron por la primera opción; otros, por la segunda; se cual fuera el caso, al final, cada ciudadano soviético, cada antropólogo, era un cómplice y un rehén al mismo tiempo del Estado.
Pero el régimen de terror concluiría con la muerte de Stalin en 1953 y el relajamiento (parcial, claro está) de las políticas opresivas y restrictivas hacia la ciencia y la población en general.
Durante los gobiernos de Jrushchov, Brézhnev y Gorbachov, todavía se llegó a recurrir a antropólogos para cumplir con un objetivo político o militar específico, ya sea en Europa oriental, en Afganistán, en Vietnam, en América o en la propia U.R.S.S. Sin embargo, no se volvió a implementar ningún programa de korenización o rusificación en el territorio soviético, ni se llegaron a poner en marcha planes tan elaborados como el proyecto estadounidense Camelot en Latinoamérica.