Im Jahr 2029 sind viele Menschen Cyborgs, die ihren Körper ganz oder teilweise durch künstliche Implantate ersetzt haben. Sogar das Gehirn lässt sich bis auf einige wenige Zellen durch ein sogenanntes Cyberbrainersetzen. Verpackt in einer Biokapsel (der sogenannten Shell) stecken in jedem Cyborg menschliche Gehirnzellen mit seinem Geist (Ghost), der Identität und seiner Persönlichkeit.

Umso bedrohlicher ist daher das Auftauchen eines unbekannten Hackers, der seinen Namen Puppetmaster (engl. für Puppenspieler) der Tatsache verdankt, dass er die Sicherheitsbarrieren der Shell überwinden und einen Ghost mit seinem künstlichen Körper kontrollieren kann. Seine Opfer verlieren ihre Identität und begehen Verbrechen für ihn oder seine unbekannten Auftraggeber.

Nachdem er staatstragende Persönlichkeiten unter seine Kontrolle gebracht hat und somit die Politik manipuliert, wird die Sektion 9 mit der Suche nach dem Puppetmasterbeauftragt. Doch alle gefassten Personen haben keine Erinnerungen mehr an ihre Taten.

Seit ihr die Hacker oder Ermittler?